Можно ли взятый в Уфе микрокредит оплачивать дистанционно в Екатеринбурге электр. деньгами (Я. Деньги или Вэбмани)?

Все зависит от конкретной МФО и условий договора!
Чтобы не ломать голову и не гадать, найдите и зайдите соответствующий раздел "оплата услуг" на сайте каждой из перечисленных платежных систем и просмотрите перечень банков-партнеров/фин. организаций, принимающих их ден. знаки в качестве средства погашения кредитов/займов. И у Я. денег и Вэбмани этот список постоянно пополняется новыми участниками и получают интеграцию с этими плтежными системами. Вообще чем крупнее и солиднее само микрофин. агентство (напр. те же Домашние деньги, но у них кажется нет возможности погашения займов эл. деньгами, зато есть многие другие (терминалы Киви, банк. перевод, Золотая Корона) , можете узнать прямо на сайте - http://www.domadengi.ru/products/pogashenie/), тем выше вероятность ее интеграции с подобными системами. В любом случае, даже если своей МФО вы не найдете в том списке, выход есть всегда, деньги можно вывести деньги в течении 2-3 дней и заплатить привычным или любым доступным способом.

Договор посмотрите как оплачивать там должно быть. Микрокредитами не пользовалась, а другие кредиты можно оплачивать с любого доступного банка по близости если знаете реквизиты своего заемщика (БИК или корсчет, свой расчетный счет)

даже если это и возможно, мне кажется проценты за перевод будут дикими (комиссия платежной системы+самой организации) , поэтому выгоднее просто вывести деньги и заплатить по старинке или так, как удобнее/выгоднее. Вообще конечно лучше сопоставить и выбрать наиболее экономичный вариант. Екатеринбург это не какая-то зачуханная провинция и банков и терминалов оплаты там предостаточно, поэтому проблем ни с выводом ни с оплатой быть не должно.