Как покупают компании ?

Не со счета Марка Цукерберга а со счета компании Facebook. Откуда эти 300 млн взялись на счёте Facebook? Может заработали, может взяли в долг, может с продажи акций. Можете найти есть желание. Ну а 23 млн акций Facebook эмитировал и перевел бывшим владельцам Instagram.

Много источников находятся на эту тему вот один из них:
В апреле 2012 года мы заключили соглашение о приобретении Instagram, Inc., которая создала службу обмена фотографиями на базе мобильных телефонов, примерно за 23 миллиона обыкновенных акций и 300 миллионов долларов наличными.

Как то оформляют сделки купли продажи договорами, деньги ппреводом на счета

Там все прозаично просто, оба встречаются, договариваются, потом юристы создают документы, а дальше от структуры сделки все зависит.
Деньги могут переводиться на личный счет, на счет компании. Сразу всей суммой. Частями. Оплата частично деньгами, а частично акциями покупающей компании и тд и тп.

Это очень трудно и муторно. Считай, что компания грубо говоря может поделить себя на миллионы кусочков (акции/облигации) и продавать их сторонним людям

идут к нотариусу и оформляют сделку :-) Затем подъезжают инкассаторские машины и прямо в нотариусе дают деньги :-) Ну а так я тоже понять не могу эту тему. К примеру мне интересно сколько реально денег имеют Джефф Безос или Роман Абрамович. Ведь их состояние оценивается по рыночной стоимости акции компании, которые принадлежат им.