На что следует обращать внимание при разработке крупной системы на чистом Си?

А чем плюсы не угодили?
"Как при этом организуется разнообразие используемых в программе имён" - как уже сказал user49913
"Нужно ли следить за производительностью" - я думаю, что раз уж вы используете си, то вам важна производительность. А так, главное, чтобы пользователю было комфортно работать с вашей программой. Ну или производительность позволяла эффективно выполнять задачи.
"нужно ли следить за читабельностью кода?" - конечно, особенно если вы работаете не один. Код должен быть понятен другому человеку и в первую очередь вам через полгода. Кто-то писал - "что код нужно писать так, будто его будет читать нервный убийца-маньяк, который знает ваш адрес"

> Как при этом организуется разнообразие используемых в программе имён
как правило, с помощью добавления префиксов к именам функций, типа drm_open, drm_release, ..
> нужно ли следить за производительностью и читабельностью кода?
<sarcasm> нет, не нужно, ведь все знают, что когда проект разрастается, он начинает следить за качеством кода сам по себе, и чем больший говнокод в нём пишется, тем легче и приятнее становится дальнейшая разработка </sarcasm>

"На что следует обращать внимание при разработке крупной системы на чистом Си?"

На финансирование этого странного проекта.

"Как при этом организуется разнообразие используемых в программе имён"

Как и в говноприложениях на React, в которых (гoвнo-) есть только 2 неймспейса - elements и pages - да и то, после того как импортируешь в файл, то в рамках файла эти неймспейсы уже теряются.
Нет тут никакой проблемы.

"нужно ли следить за производительностью"

Мерять производительность разных используемых решений, например - функций библиотек, и применять более оптимальные (в т. ч. самодельные), где надо.

"и читабельностью кода"

Наверное, и за читабельностью, и за применением новейших решений (даже в Си), а то устроишься работать в команду и это будет дыркой для старших, чтобы они тебя гнобили за малейшую помарку.
Или инвесторы попросят знакомого тимлида посмотреть код, и опять будет удобная отмазка, чтобы послать тебя, затянуть время, или инвестировать 5 копеек.
Но Си тут ни при чем, это в любом языке так.