Получается что Нео не умер, ведь из одной матрицы он лишь вышел в другую матрицу ?

В оригинальном сценарии там было что Зеон это Матрица. И просто они подчинили все человечество к системе. Что Пифия программа которая сотворяла будущее.
А то что хеппи энд то тут уже за уши притянуто. Хотя во второй части архитектор напрямую говорит о "создании зеона" с целью продления человеческого рода по 8 мужчин и женщин кажется, и в добавок никто из людей не задумывается каким образом машины те что помогают им, существуют в их время, почему у них не было ни бунтов, ни каких, то иных потрясений связанных с изоляцией, как к примеру войны в Московском метро в 2033 . Где по факту была борьба за территорией и контролем ресурсом. Он архитектор напрямую говорит что первая матрица была утопией и была уничтожена. Последующие части, человек принял в том случае если есть иллюзия борьбы.
Тогда человек соглашается на подобный ложный выбор. Да и в третей части Нео говорит. Придумав Избранного Матрица создала еще одну программу контроля. Хотя на деле Избранного создала программа интуитивного типа. Которая зовется Пифия. Она была матерью Матрицы, а отцом был Архитектор. И потому мир в котором они живут был похож на то время. Сейчас же это просто ремейк или ремастер, как какие-нибудь Звёздные войны 7. Чисто для фанатов. Как тот же Генезис у Терминатора.

Ложки не существует же.
Это всё сплошная матрица, а Нео - ее вирус

Всё вообще не так. Нео в городе машин, и он сильно ранен. Они помещают его в капсулу и возвращают в матрицу (возможно, изолированную от остального "мира").

Практически как в религии