Арбитражный суд, мы подали встречный иск...

Суд правильно притормозил ваши доп. требования и правильно указал что все надо было сразу писать во втречном иске. Посмотрите внимательно

Статья 49 АПК РФ. Изменение основания или предмета иска, изменение размера исковых требований, отказ от иска, признание иска, мировое соглашение

1. Истец вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде первой инстанции до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу, изменить основание или предмет иска, увеличить или уменьшить размер исковых требований.
2. Истец вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде любой инстанции до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела в суде соответствующей инстанции, отказаться от иска полностью или частично.
3. Ответчик вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде любой инстанции признать иск полностью или частично.
4. Стороны могут закончить дело мировым соглашением в порядке, предусмотренном главой 15 настоящего Кодекса.
5. Арбитражный суд не принимает отказ истца от иска, уменьшение им размера исковых требований, признание ответчиком иска, не утверждает мировое соглашение сторон, если это противоречит закону или нарушает права других лиц. В этих случаях суд рассматривает дело по существу.

Вы вправе изменить ОСНОВАНИЕ или ПРЕДМЕТ иска, увеличить или уменьшить исковые требования, но ВЫ НЕ ВПРАВЕ дополнить иск иными требованиями, кроме заявленных. Очевидно, дополнительные требования надо оформить в виде отдельного иска, оплатить госпошлину и подать в АС. Может или не может он быть принят как встречный - суд примет при соблюдении требований АПК РФ к встречному иску. Если иск не будет принят судом как встречный (и такое бывает, если не докажете соответствия требованиям АПК) - подавайте как обычный через канцелярию и просите объединить дела по всем трем уже искам.