Я прописана в Эстонии,но в посольстве Эстонии мне говорят , что я не являюсь гражданкой Эстонии!Как мне быть?

должны, т. к. гражданство СССР является одним из оснований получения российского гражданства по упрощенной схеме ( см. статью 14 п. 1 б) Закона о гражданстве РФ http://www.consultant.ru/online/base/?req=doc;base=LAW;n=88963), вам нужно обратиться отделение Федеральной миграционной службы, но учтите для этого вам нужно хотя бы иметь временную регистрацию в России, в течение 3 мес. после сдачи документов вам дадут российское гражданство

что то непонятно куда Вы обращались, у Вас есть основания получить Российское гражданство по упрощенной схеме, так как Вы не приобретали никакого другого гражданства.

Я родился в ЭССР и то не гражданин Эстонии . Праписка не даёт право на гражданство ( только по родственникам ) .
С 1994 году паспорт СССР в Эстонии не действителен . Или паспорт гражданина Эстонии, или " Паспорт пришельца " ( без гражданства ) или загран. паспорт Иностранного гасударства. В 1994 году не определились, а в 2009 вспомнили? Так что консул Эстонии - тут не причём, это к Эстонии не относится ( они кто в Эстонии родился, но не эстонец за людей не считают ).
Это вам нада к юристу обратится, что бы все законы РФ знал и подсказал как гражданство РФ оформить .

если у вас паспорт ссср и в соответствии с законодательством эстонии вы не являетесь гражданкой эстонии - то вы лицо без гражданства и имеете право на упрощенный порядок получения гражданства РФ - но это отдельная и большая тема

а паспорт какой страны?
Тут нужно смотреть истонское законодательство, узнайте в посольстве, на каком основании вам дан такой ответ.