Как ген.директору выйти из ООО?

Учредителю. У меня была такая ситуация. Там долгая процедура. К нотариусу ездили...

Гендиректор из ООО не выходит. Вопрос непонятен в принципе.

Согласно ст. 40 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью" договор между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, на котором избрано лицо, осуществляющее функции единоличного исполнительного органа общества, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества, либо, если решение этих вопросов отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным решением совета директоров (наблюдательного совета) общества.
Запись в трудовой книжке делается уполномоченным на то лицом (например, кадровым служащим) . Заверить запись в трудовой книжке может и кадровый работник, и даже сам бывший руководитель.

Открыть дверь и выйти.

В зависимости от того к компетенции каких органов управления относится вопрос о прекращении полномочий Генерального директора.
Скорей всего в Вашем ООО есть только 2 органа управления : Общее собрание участников и единоличный исполнительный директор (Генеральный директор) . В таком случае заявление пишется в адрес Общего собрания. Как правило эта процедура описана в уставе.
Посмотрите так же ФЗ "Об ООО"

А кто Вас назначил? Или как в Уставе.

Если Гена еще и Участник Общества, то нужно проводить сделку по отчуждению доли.. .
А так по Решению (Протоколу) снимаются обязанности с одного Гены и возлагаются на другого.. .