Будут ли два ООО, у которых одни и те же учредители, являться аффилированными лицами?

Я бы с такой категоричностью, не заявлял что 2 ООО имеющие неизвестное число участников будут являться по отношению к друг к другу аффилированными лицами. Читай внимательно два закона первым прочти закон предложенный Палычем, а второй предложенный Катенькой.

Естессно будут. ст. 4 Закона О конкуренции и ограничении монополистической деятельности на товарных рынках

Согласно Закону РСФСР от 22.03.1991 N 948-1 "О конкуренции и ограничении монополистической деятельности на товарных рынках"
"...аффилированными лицами юридического лица являются:
член его Совета директоров (наблюдательного совета) или иного коллегиального органа управления, член его коллегиального исполнительного органа, а также лицо, осуществляющее полномочия его единоличного исполнительного органа;
лица, принадлежащие к той группе лиц, к которой принадлежит данное юридическое лицо;
лица, которые имеют право распоряжаться более чем 20 процентами общего количества голосов, приходящихся на голосующие акции либо составляющие уставный или складочный капитал вклады, доли данного юридического лица;
юридическое лицо, в котором данное юридическое лицо имеет право распоряжаться более чем 20 процентами общего количества голосов, приходящихся на голосующие акции либо составляющие уставный или складочный капитал вклады, доли данного юридического лица;
если юридическое лицо является участником финансово-промышленной группы, к его аффилированным лицам также относятся члены Советов директоров (наблюдательных советов) или иных коллегиальных органов управления, коллегиальных исполнительных органов участников финансово-промышленной группы, а также лица, осуществляющие полномочия единоличных исполнительных органов участников финансово-промышленной группы;... "
Так что они - учредители будут признаваться аффилированными лицами

Конечно же будут.
Ст. 9 ФЗ О ЗАЩИТЕ КОНКУРЕНЦИИ