не путать с 94-ФЗ :)

Хороший вопрос, коллега. Скоро и мне по работе придется регулярно им задаваться.
Я попробую ответить, как я понял ответ на этот вопрос, руководствуюсь тем материалом, что я имею. Во-первых, у нас есть письмо Минэкономразвития России от 18.01.2008 г. N Д04-90. Там Минэкономразвития четко сказало, что "автономные учреждения не являются получателями бюджетных средств и не могут выступать государственным­и или муниципальными заказчиками на размещение заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных­ или муниципальных нужд и не подпадают под действие Закона". Но проблема писем Минэкономразвития, что они, во-первых, всего лишь письма, даже не приказы, и потому носят рекомендательный характер, то есть проверяющие органы часто просят ими подтереться, а во-вторых, бывает, что одно письмо Минэкономразвития противоречит другому. В-третьих, это письмецо написано очень и очень давно, что значительно умаляет его ценность, с тех пор много воды утекло.

Другое дело - Пленум ВАС РФ.
Постановление от 02.06.2006 №24 "О применении к государственным (муниципальным) учреждениям пункта 2 статьи 1 Федерального закона "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд" и статьи 71 Бюджетного кодекса Российской Федерации".
Вот что там сказано:
Если учреждение уполномочено органом государственной власти Российской Федерации, органом государственной власти субъекта Российской Федерации или органом местного самоуправления выполнять функции государственного (муниципального) заказчика при размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных (муниципальных) нужд, оно, действуя в этом случае в инте­ресах и от имени публичного образования, должно в полном объеме руководствоваться положениями Закона о размещении заказов.
Еще одно судебное решение.
Постановление Федерального арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 25 июня 2009 г. N Ф04-3648/2009(9­132-А27-23).
"Таким образом, суды пришли к обоснованному выводу о том, что МАУ "Служба заказчика" при размещении муниципального заказа на поставку теплообменников­ выполняло функции муниципального заказчика в целях обеспечения потребностей муниципального образования городской округ "Город Белово" в теплообменниках­ пластинчатого типа "ALFA LAVAL". Заказ размещен для обеспечения муниципальных нужд, финансирование заказа предусмотрено за счет средств местного бюджета.
Следовательно, суды первой и апелляционной инстанций правомерно пришли к выводу, что при таких обстоятельствах­ к спорным отношениям применяются нормы Закона N 94-ФЗ и решения МАУ "Служба заказчика" при размещении муниципального заказа на поставку пластинчатых теплообменников­ "ALFA LAVAL" должны были соответствовать­ требованиям указанного Федерального закона".

Из всего сказанного вывод может следовать такой - автономные учреждения не должны расходовать выделенные по субсидии средства через процедуры, предусмотренные 94-ФЗ, то есть средства, выделенные в рамках гос. задания через процедуры торгов не проходят. Однако, распорядитель бюджетных средств может выделить АУ средства для приобретения чего-либо для государственных и муниципальных нужд. Таким образом, АУ уполномачивается выступать в роли заказчика, и эти деньги оно должно тратить уже по процедурам 94-ФЗ. Все зависит от того, как и на какие цели получены деньги.
Почитайте еще об этом тут, тут, тут и тут.
Я очень надеюсь, что помог вам разобраться в ситуации.

В 174_ФЗ законе и в 94-ФЗ законе не прописаны данные вопросы, также автономное учреждение не относится к государственным или муниципальным учреждениям несмотря на то, что формируется из государственной или муниципальной собственности