Какие нужны документы, чтобы зарегистрировать в налоговой изменения в устав муниципального образования?

Уважаемый Денис Лукоянов.
Все же надеюсь, что Ваш вопрос либо шутка, либо невнимательность. (поскольку, как я понял Вы являетесь муниципальным служащим, связаным с разработкой проектов муниципальных НПА и НеНПА) .
ИФНС не имеет никакого отношения к регистрации Уставов муниципальных образований.
См. Федеральный закон от 21 июля 2005 г. N 97-ФЗ "О государственной регистрации уставов муниципальных образований"
НЦ===
Статья 1. Государственная регистрация уставов муниципальных образований
1. Государственную регистрацию уставов муниципальных образований организует уполномоченный федеральный орган исполнительной власти в сфере регистрации уставов муниципальных образований в соответствии с настоящим Федеральным законом.
2. Государственная регистрация муниципальных правовых актов о внесении изменений в уставы муниципальных образований осуществляется в порядке, установленном настоящим Федеральным законом для государственной регистрации уставов муниципальных образований.
3. Государственную регистрацию уставов муниципальных образований осуществляют территориальные органы уполномоченного федерального органа исполнительной власти в сфере регистрации уставов муниципальных образований (далее - регистрирующие органы) .

В соответствии с Указом Президента РФ от 13 октября 2004 г. N 1313 государственную регистрацию уставов муниципальных образований и муниципальных правовых актов о внесении изменений в эти уставы осуществляет Министерство юстиции РФ

Статья 3. Представление устава муниципального образования для государственной регистрации
1. Устав муниципального образования направляется главой муниципального образования в регистрирующий орган в течение 15 дней со дня его принятия.
2. Для государственной регистрации устава муниципального образования представляются в двух экземплярах, а также на магнитном носителе:
1) устав муниципального образования;
2) решение представительного органа муниципального образования либо решение схода граждан о принятии устава муниципального образования, а также протокол заседания представительного органа муниципального образования либо протокол схода граждан, на которых был принят устав муниципального образования;

Пункт 3 части 2 статьи 3 не применяется при государственной регистрации уставов муниципальных образований и муниципальных правовых актов о внесении изменений в уставы муниципальных образований, принятых до дня вступления в силу настоящего Федерального закона

3) сведения об источниках и о датах официального опубликования (обнародования) проекта устава муниципального образования и о результатах публичных слушаний по проекту устава муниципального образования.
3. Устав муниципального образования представляется с пронумерованными и прошитыми страницами, скрепленными печатью представительного органа муниципального образования (печатью местной администрации в случае принятия устава муниципального образования на сходе граждан) .
4. Для регистрации муниципального правового акта о внесении изменений в устав муниципального образования в порядке, установленном частями 1, 2 и 3 настоящей статьи, в регистрирующий орган направляются:
1) новая редакция положений устава муниципального образования с внесенными в них изменениями;
2) решение представительного органа муниципального образования либо решение схода граждан о принятии указанного акта, а также протокол заседания представительного органа муниципального образования либо протокол схода граждан, на которых был принят указанный акт;
Пункт 3 части 4 статьи 3 не применяется при государственной регистрации уставов муниципальных образований и муниципальных правовых актов о внесении изменений в уставы муниципальных образований, принятых до дня вступления в силу настоящего Федерального закона
3) сведения об источниках и о датах официального опубликования (обнародования) проекта указанного акта и о результатах публичных слушаний по указанному проекту в случае, если проведение таких слушаний предусмотрено федеральным законом.
КЦ===

Устав в новой редакции и решение Думы муниципального образования о внесении изменений.