Может ли собственник жилья лишить временной регистрации до окончания срока действия? Если да, то в каких случаях?

Собственник имеет право аннулировать временную регистрацию, подав соответствующее прошение в ФМС.
Основанием для подачи прошения об аннуляции ВР могут быть: Временная прописка без согласия собственника:
Сомнительность документов о временной регистрации: отсутствие даты, исправления, поддельные бланки, подписи и т. д.
Отказ выселиться добровольно после расторжения договора о найме и окончания срока действия ВР.
И как факт
Нарушение условий договора (недостойное поведение, создание невыносимых условий для соседей, неуплаты коммунальных и т. д.)
Некоторые категории людей нельзя лишать жилья, даже при расторжении договора
(по ст. 103-й ЖК РФ):

Семью сотрудника силовых и других госструктур, погибшего при исполнении служебных обязанностей.
Лиц, которые достигли пенсионного возраста.
Инвалидов I и II групп, если здоровье ухудшилось из-за их деятельности.
Близких людей лица, которому была дана возможность проживания в таком типе служебного помещения, после его смерти.

Все события, дающие возможность собственнику жилья прекратить действие договора найма жилого помещения, прямо перечисляются законом (ст. 687 ГК РФ). Обязательно требуется судебное разбирательство.
Если жилье находится в аварийном состоянии, и дальше проживать в нем невозможно;
Если жилое помещение используется для других целей;
Если наниматель и его близкие портят или причиняют ущерб имуществу;
Если данные люди совершают действия, нарушающие права соседей;
Если не платят за аренду.
Чтобы выселить граждан, необходимо сообщить им об их правонарушениях и дать им временной период для их устранения. В реальности обе стороны могут расторгнуть соглашение, не объясняя причин, но при этом они в обязательном порядке должны соблюсти процедуру уведомления.

Главные права собственника – право на получение оплаты за проживание и коммунальные услуги. Если жилец не платит шесть месяцев, происходит прямая угроза расторжения соглашения. Данные основания – единственные, по которым можно выселить жильцов.

В любых случаях - читай законодательство в части регистрации граждан, со статьями в кодексах и ссылками на них. РАСШИРЕННО

Вы собственник хотите прописываете хотите выписываете из своей собственности, если я не ошибаюсь то через суд