что лучше Intel Core 2 Quad Q6600 или Intel Core i3-540 ?

я бы взял i3. И дело тут не только (и не столько) в производительности. Q6600 - старый проц. под сокет 775. Этот сокет устарел и уходит в прошлое. Собственно, уже ушёл. У него нет будущего. А платформа под сокет 1156 - достаточно свежая и просуществует ещё пару-тройку лет. Поэтому, в будущем ничто не помешает вам поставить вместо i3-540 мощный проц. типа i7-870.
Хотя, если честно, я бы на вашем месте подождал чуть-чуть. На днях выходит в продажу новая серия Intel - процессоры семейства Sandy Bridge. Это великолепные процессоры, на великолепной системе. Вот, почитайте.

А для игр лучше всего хорошая видеокарта, начиная с gtx 460 (1 ГБ) . Процессоры же в современных играх (на высоком разрешении и на хорошем качестве графики) принимают мало участия...

Что лучше четыре ядра на небольшой скорости, или два на большой. Зависит от приложений. Если много, то первый, если мало но требовательные, то второй.

всё от задач зависит
но вам скорее всего i3

Intel Core i3-540

У интел Core i3-540 частота одного ядра 3,06 ГГц. Отличный процессор за свои деньги) ) Спокойно гонится до 4.2ГГц

А у Core 2 Quad Q6600 - 2.4.

Но, Core 2 Quad Q6600 хоть и с 4-мя ядрами, послабее и тем более, его уже в продаже в интернет магазинах нету