всё началось после копирования с флэшки (FAT) на локальный диск D(не системный)?

ну быстрей всего просто это совпало с флехой, позаботься о новом харде, похоже он скоро прикажет долго жить. Или проверь шлейф от харда бывает шлейф накрывается, соединения шлейфа с хардом

Системным может быть любой диск, на пример можно установить несколько операционных систем на С хрюшу на D семерку на Е линукс и тд и тп . Нужно проверить Data провод и провод питания твоего жд вторым делом проверь весь жд на вирусы и если все ок переустанавливай ОС с форматированием всего диска и созданием заново логических дисков . Причин может быть довольно много а я не телепат, возможно еще что твой жд скоро выйдет из строя . Потести свой диск утилитами для проверки на bad сектора и тд и тп ...

ну если после этого . то с высокой вероятностью это вирус... сходи к касперскому и возми бесплатную утилиту и поверь комп полностью. .
а вообще если винт пропадает это больше на проблемы железа тянут, кстати флэшкой тоже убить можно, но не сам винт а мат. плату, если неакуратно вытащить (редко бывает, но бывает, видел как горят матери, с запахами, звуками и дымом.... красивооо. :)

контроллер на вашем жестком умирает - скорее всего - но возможно проблемма и в мат. плате
Если проблема в 1-м замените жесткий диск