Как полностью форматнуть системный HDD, чтоб стёрлось всё, даже тома (т. е. он стал бы одним чистым томом)

Можешь использовать элементарный дедовский способ, тока тебе все равно его форматировать придется - наложить магнит все сотрется! а форматировать надо будет чтобы вернуть файловую систему. это делается утилитой fdisk или как многие писали тебе партишин мейджиком (Partition Magik) любой версии заново разбиваешь на логические диски твой HDD шник!! ! Удачи в познании твоего компа!! ! Это очень увлекательно, как говорится опыт растет прямо пропорционально оборудованию выведенному из строя (шучу конечно)

Можно переустановить эту самую винду, наиболее легкий способ. А по другому нельзя, так как если ты собрался стирать всё, то и операционка сотрется и комп не запустится.

Найди диск-реаниматор, с него сделаешь все.

старый добрый Partition Magic (загрузочный)

А почему не через винду, да хоть как и через неё тоже.
можно с дисскетки или с компашки загрузочной.
можно с винды запустить эту прогу и даже не то что все сотрется но и удалятся разделы если диск был разбит на n число:
HDD Low Level Format Tool

можно и этой все убить только выбирать знать что ставить.
Victoria для Windows версия 4.46
или из под дос: VCR352.COM

почти такая же прога и эта из под винды: HDDScan.exe
или еще эта Программа MHDD последней версии, iso-образ компакт-диска
и еще : Виктория 3.5 образ загрузочного CD
и эта тоже похожа: Magic Boot Disk
есть и на английском тоже делает загрузочную дискетку или компашку:
Super Fdisk
ну и все выше перечисленные.
да и совсем старая из под дос:
fdisk обычный, его можно найти если создать загрузочную дисскетку.
ещё можно с загрузочной компашки как ставить винду там дойти до пункта в какой диск ставить систему и там тоже можно удалить и форматировать диски и так же можно удалить разделы и заново создать один.
Способов очень много ...

самый удобный вариант - при помощи стандартной утилиты которая есть на установочном диске windows