Какие файлы нужно скинуть со сломанного системного HDD на новый диск со свежеустановленной Windows?

Program Files не стоит.
Нужно сбросить пользовательские данные, - а это папки -
Загрузки
Избранное (если используете IE)
Изображения
Мои видеозаписи
Мои документы
Моя музыка
Рабочий стол
Сохраненные игры
Это все в пользовательской папке... C:\Users\*****ВАШ ПОЛЬЗОВАТЕЛЬ****\
Еще можно сбросить закладки любимого браузера, к примеру в папке
C:\Users\*****ВАШ ПОЛЬЗОВАТЕЛЬ****\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\*******.default\bookmarkbackups
находятся резервные копии закладок Firefox....

Только содержимое папки %appdata% и ваши файлы.

Забери то, что тебе нужно.

ты должен сам знать какие файлы тебе нужны и где они лежат

Это только тебе и известно

Если ты про клонирование ОС - то ты уже пролетел тут.
Скопируй файлы что тебе нужны, а ОС доведёшь до привычного состояния и вида со временем.

И на будущее, чтобы смерть ОС не была для тебя катастрофой - создавай периодически образ диска С для восстановления в случае смерти ОС с помощью утилиты Acronis True Image. С её же помощью создай и загрузочную флешку с утилитой. А образ диска С (у меня это отдельный SSD накопитель, а диск D это HDD) держи на диске D и периодически создавай новый образ, а старый удаляй. Ведь когда ставишь или удаляешь что-то - в системном реестре изменяются пути. (не говоря уже о всяких сейвах)

Program Files не стоит забирать, там просто установленные программы вообще без каких-либо пользовательских данных. Documents and Settings тоже сомнительно, так как там лежит Temp, а это мусор. Desktop и Downloads можно

Program Files, Documents and Settings и Desktop - они тебе нужны?
Desktop он в пользовательской папке в Documents and Settings лежит.
Бери те папки которые тебе нужны для работы.
Опять же многие проги, типа Оффиса работать не будут.