Подскажите почему после замены батарейки в материнской плате при работе комп периодически издает короткий сигнал?

Возможная причина-перегрев CPU или GPU. Вторая причина - это GuardMail. Попробуйте его удалить.

Зайди в биос если понимаешь. И поставь настройки по умолчанию и сохрани. Умолчание -Default

Сигналы AWARD BIOS

Сигналов нет. Неисправен или не подключен к материнской плате блок питания.
Непрерывный сигнал. Неисправен блок питания.
1 короткий. Ошибок не обнаружено.
2 коротких. Обнаружены незначительные ошибки. На экране монитора появляется предложение войти в программу CMOS Setup Utility и исправить ситуацию. Проверьте надежность крепления шлейфов в разъемах жесткого диска и материнской платы.
3 длинных. Ошибка контроллера клавиатуры. Перегрузите компьютер.
1 длинный+1 короткий. Проблемы с оперативной памятью.
1 длинный+2 коротких. Проблема с видеокартой -- наиболее часто встречающаяся неисправность. Рекомендуется вытащить плату и заново вставить. Также проверьте подключение монитора.
1 длинный+3 коротких. Возникла ошибка инициализации клавиатуры. Проверьте качество соединения последней с разъемом на материнской плате.
1 длинный+9 коротких. Возникла ошибка при чтении данных из микросхемы постоянной памяти. Перегрузите компьютер или перепрошейте содержимое микросхемы.
1 длинный повторяющийся. Неправильная установка модулей памяти.
1 короткий повторяющийся. Проблемы с блоком питания. Попробуйте убрать накопившуюся в нем пыль.

Сигналы Phoenix BIOS

1-1-3. Ошибка записи/чтения данных CMOS.
1-1-4. Ошибка контрольной суммы содержимого микросхемы BIOS.
1-2-1. Неисправна материнская плата.
1-2-2. Ошибка инициализации контроллера DMA.
1-2-3. Ошибка при попытке чтения/записи в один из каналов DMA.
1-3-1. Ошибка регенерации оперативной памяти.
1-3-3. Ошибка при тестировании первых 64 Кб оперативной памяти.
1-3-4. Аналогично предыдущему.
1-4-1. Неисправна материнская плата.
1-4-2. Ошибка тестирования оперативной памяти.
1-4-3. Ошибка системного таймера.
1-4-4. Ошибка обращения к порту ввода/вывода.
3-1-1. Ошибка инициализации второго канала DMA.
3-1-2. Ошибка инициализации первого канала DMA.
3-1-4. Неисправна материнская плата.
3-2-4. Ошибка контроллера клавиатуры.
3-3-4. Ошибка тестирования видеопамяти.
4-2-1. Ошибка системного таймера.
4-2-3. Ошибка линии A20. Неисправен контроллер клавиатуры.
4-2-4. Ошибка при работе в защищенном режиме. Возможно, неисправен центральный процессор.
4-3-1. Ошибка при тестировании оперативной памяти.
4-3-4. Ошибка часов реального времени.
4-4-1. Ошибка тестирования последовательного порта. Может быть вызвана устройством, использующим данный порт.
4-4-2. Ошибка при тестировании параллельного порта. См. выше.
4-4-3. Ошибка при тестировании математического сопроцессора.

Сигналы AMI BIOS

1 короткий. Ошибок не обнаружено.
2 коротких. Ошибка четности оперативной памяти. Перегрузите компьютер. Проверьте установку модулей памяти.
3 коротких. Возникла ошибка при работе первых 64 Кб основной памяти. Рекомендации аналогичны.
4 коротких. Неисправен системный таймер.
5 коротких. Неисправен центральный процессор.
6 коротких. Неисправен контроллер клавиатуры.
7 коротких. Неисправна материнская плата.
8 коротких. Неисправна видеопамять.
9 коротких. Ошибка контрольной суммы содержимого микросхемы BIOS.
10 коротких. Невозможно произвести запись в CMOS-память.
11 коротких. Неисправна внешняя cache-память (установленная в слотах на материнской плате) .
1 длинный+2 коротких. Неисправна видеокарта.
1 длинный+3 коротких. Аналогично предыдущему.
1 длинный+8 коротких. Проблемы с видеокартой или не подключен монитор.
Сигналов нет. Неисправен или не подключен к материнской плате блок питания.

Лучше ответьте, какая ситуация была до замены батарейки.

Не слушай этих обезьян. Пора мать менять, схема биоса сгорела.

этот сигнал дожен издаваться при запуске компа, это говорит о его исправности.
Звук при уже работающем компе?
http://estar.idasoft.ru/faq/bios

Плохо установил, плохая батарейка.

используй windowsfix.ru