на материнской плате есть слоты pciex16_1 далее pciex16_2 и pciex16_3,слот под номером вторым черный. остальные серые

В любой 1 или 3 в первый не ошибётесь. Материнка какая? Вот что я нашёл PCIe 2.0 x16_2 slot [black] (at x4 mode, compatible with PCIe x1 and x4 devices) Значит был прав. Чёрный х4

Какую хорошую материнку разыскали! Главное без встроенного этого дурацкого видео, от которого теряют скорость игры.

В первый X16 #1

в центр, так больше пространства вокруг и меньше греется

под номером вторым скорее всего работает на заниженой скорости либо х8 либо х4 два остальных полноценные и скорее всего работают как надо в х 16

в самый верхний

А мануал от матери засекречен?

Без разницы. Это как оперативка - разъема 4, а планка 1. Или жесткий один а разъемов несколько. Неважно - материнка и операционка разберутся с чем работать. Конечно у оперативки есть нюансы - если что то лучше подальше от процессора (чтоб не так грелась) , если пара то лучше рядом -1-2 или 3-4. Для жесткого и видео в принципе не важно. Для видеокарты играет роль удобства и содействия в охлаждении. Почему один разъем отличается от других необходимо посмотреть в спецификации карты, а для этого нужно ее название. Скорее всего это связано с возможностью применения спаренных видеокарт.
Судя по картинке и спецификации - только 1 и 2 (верхний и черный) - они PCI Express 2.0 x16 (к тому же на них есть фиксаторы для видеокарт. И возможность применения спаренных вариантов у вас есть.