В какую файловую систему лучше форматнуть портативный жестки диск

Если планируется его подключать к телевизору с USB или к компу с Win98, то должна быть FAT32.
В остальных случаях - NTFS.

NTFS уже фс практически стала стандартом, так что форматируй в NTFS и не парься, а Fat32 иногда лагает и теряет файлы

форматируй и не бойся.. . в ntfs получше будет... (ИМХО)

Если речь идет об использовании Win9x, то и вопрос задавать не стоит - штатной поддержки ntfs нет. Есть бесплатный драйвер для чтения ntfs, но не записи.
Очень жаль, потому. что файловые системы Fat - это огромная кладезь недостатков при полном отсутствии достоинств. На современном (после 2000 года) железе.

NTFS является восстанавливаемой (recoverable) файловой системой. Она гарантирует согласованность данных тома, используя стандартную процедуру регистрации транзакций. Каждая операция ввода-вывода, которая изменяет файл на томе NTFS, рассматривается файловой системой как транзакция.

При модификации файла специальная компонента файловой системы - сервис регистрации файлов (Log File Service) - фиксирует всю информацию, необходимую для повторения (redo) или отката (undo) транзакции в специальном файле с именем $LogFile. Если транзакция не завершается нормально, то NTFS пытается закончить транзакцию (повторить) или производит ее откат. Этот метод обеспечивает минимальное время восстановления, однако восстанавливаются только системные данные (метаданные) , пользовательские же данные могут быть утеряны.

Один минус у NTFS - Win 98 - его не понимает.
Ну так как Ты их собираешся использовать - то будут проблемы (диск не будет определяться - а значит и работать)

NTFS намного убыстряет доступ к файлам - так что для работы XP и Vista - самое оно.

Так что можно оставить систему по умолчанию - FAT везде определяется (только быстродействие разное)

Форматай в НТФС и не парься - все ок должно быть с определением и использованием.

Всё будет нормально форматируй в NTFS, ничего не случится.