Режимы работы PCI Express

на x8 особо не заметно, в x4 и x1 она превратится в слоупока

В зависимости от типа видеокарты, в зависимости от версии PCIe v2,3,4(что то сомневаюсь в 4й :)), в зависимости от приложения (и игр в том числе).... Если там PCIe v3 и что нибудь типа 2080ти - будет очень сильная потеря производительности в 3д играх, если 1030 - минимальные, ну на 1-2 фпс ниже из 20 :). Для большинства вариантов майнинга - разницы почти не будет, после начала "работы", правда старт будет занимать больше времени :). А вот на чем нибудь средненьком типа 1060 6Гб/амд 470 - да будут потери, где 5%, а где 15% производительности 3д, текстурки медленней загружаться будут и т. д. и т. п..
Подобное "видеокарта некорректно и с некоторыми искажениями отображает каптчу, элементы списков и делает черной область, выделенную с помощью мыши" - зачастую говорит о неисправности видеокарты, реже - процессора или материнской платы, либо плохого БП. А может и просто "кривые драйвера или настройки биос (потому что именно там инициализируются режимы работы PCIe, а параметров - там ДО ХРЕНА!). А может просто "кто то до насиловал" ОС виндовс :).
Рекомендую попробовать все ж, проверить отсуствие "других" менее вероятных неисправностей, т. е. сбросить настройки биос джампером или батарейкой, удалить и установить последние доступные, драйвера на видеокарту. Проверить температуру видеокарты, в стресс тестах - например волосатом бублике (Furmark),может быть - попробовать снизить базовые частоты работы GPU и/или запретить всякие бусты. Так же зачастую иногда в БИОС есть настройки работы второго/3го слота PCIe - может быть можно поставить 8х, тогда для многих видеокарт потерь или почти не будет или будут не более 3-5%.

Вот видео, сравнение наглядное.
https://www.youtube.com/watch?v=Mu2G9MaXe3c

нет, не сильно, все нормально будет