Почему считается, что программы лучше устанавливать на C: диск?

можно устанавливать на любой физический и логический диск

Это школьники так считают!
А если установить прогу да другой физический диск то скорость обращения будет быстрее так как головкам диска не нужно будет скакать по всему диску перепрыгивая с файлов программы на файлы винды чтоб работала и винда и программа!
А если SSD то вообще будет красота!

Потому что типа время обращения будет короче

Потому что сейчас самый популярный вариант это ссд 120-240 гигов и жесткий диск 1 Тб. Соответственно, лучше, если программа будет на ссд, ну и так совпадает, что на ссд обычно том С с системой.

Потому-что ось стоит на С

Я пользуюсь в основном portable (переносимыми) программами и записываю их на диск D.

Устанавливать можно, но время обработки, открытия будет чуть-чуть дольше
Так как на этом диске стоит Ось.
Главное не доводи его до "красного" состояние памяти и всё

Многое ПО старых версий, которое ранее использовалось под MS-DOS, после выходя Windows 95 перекочевали на эту ОС. Однако, разработчики более новых версий ПО не переписывали его под Windows полностью, а адаптировали лишь. Из-за этого оно могло работать только, если было установлено на системный диск, который обычно был диск С:. В случае установки на другой диск, имеющий другую букву, возникали проблемы в работе ПО или полной его неработоспособности. В принципе можно было поставить на другой диск, но для этого нужно было править файлы конфигурации. Это мог сделать не каждый. Еще и время на это нужно было потратить. Поэтому сложился устойчивый стереотип, что программы лучше ставить на диск С:, ибо меньше будет проблем.
Сейчас таких проблем нет. Поэтому не имеет значения на какой диск ставить ПО.
Сейчас в ассортименте программиста имеются различные функции, которые позволяют приложению при его запуске определить откуда оно было запущено и какой диск системный, если приложение использует библиотеки расположенные на системном диске в составе ОС или в .NET.
Собственно, по такому принципу работают многие программы в режиме Portable.

кем считается и на чем считается, учениками на калькуляторах?)

ставь куда хочешь