Купили участок в садовом кооперативе, в свидетельстве - деятельность значится"Садоводство" , ХОТИМ СТРОИТЬ ДОМ, вопрос..

Сегодня для строительства на садовом участке не требуется ничье разрешение - Вы можете строить, что считаете нужным, далее регистрируете строение в ФРС. Всё. Садовый дом готов. Живите сколько хотите.
(нужно успеть попасть под "дачную амнистию" до марта 2015 года, кажется. Читайте 93-ФЗ, после этого срока возможно нужен будет проект, согласование и проч)
---
Проблемы следующие:
У вас есть свидетельство о собственности на землю, свидетельство о собственности на дом, милицейский адрес строения. Попробуйте обратитесь в органы прописки с целью там прописаться - они заставят вас доказать что ваш дом удовлетворяет.... лучше почитайте то, что я писал для своих садоводов:
sad-zvezd.spb. ru/?page_id=211
То, что прописка разрешена, да, она не запрещена, но чтобы этого добиться нужно пуд соли съесть без хлеба.
ИЖС безусловно лучше.

если есть регистрация то вопросов просто не должно возникать

с таким вопросом обратитесь в свою Администрацию, в "Отдел по управлению муниципальным имуществом и земельной политике" и в "Отдел капитального строительства и архитектуры" - точнее чем там, нигде не ответят :-)

Обязательно надо переделывать под ИЖС. По крайней в кадаствровой выписке (паспорте) это должно значится обязательно. Иначе в лучшем случае отшрафуют за использование земли не по назначению, в худшем снесут (и разбираться не будут -к кпримеру Речник возьмите) .
Вот на чсет проекта сомневаюсь, а разрешение на строительство в отделе архитектуры брать надо.
Кроме того учтите, что земли делятся по назначению и например на сельхозугодиях (мало-ли там под сади предназначалось) никто под ИЖС выделиить участок не сможет, даже если очень захочет...