стоит ли засыпать фундамент перед тем, как поднимать стены и настилать полы? или оставить для вентиляции..

А смотря какие полы.. . Деревянные - обязательно нужно вентилируемое подпольное пространстве, а если, например, стяжка с теплыми полами - под плитку, ламинат - конечно, нужно засыпать...

,,,,Можешъ лаги положыть по уровню.

....а пока строгать будеш -- ( ОПИЛКИ !
....у меня - 50см от пола + опилки и песок
....ТЕПЛО !

да как хотите ..это на ваш вкус ..)

Тогда надо пол утеплять, чтобы зимой не холодно было. У нас зимой до-38градусов. Сделаны в фундаменте окошечки. На лето открываем для проветривания

А как будут проводится дальнейшие работы при ямах? Леса, доставка материала и тд.
Надо гидроизолировать наружную часть фундамента, при необходимости утеплить экструдированным полистеролом и засыпать пазуху отсевом или песком, чтобы влага не задерживалась в грунте засыпки.
Сам фундамент не пропускает воздух и через него не будет вентиляции. В пространство под полом (подполье) воздух поступает через продуховые отверстия. Если пол на уровне земли, то продухи выполняются в фундаменте и для них выкладываются приямки. Как правило в этом случае продуховые отверстия закладываются при заливке фундамента в виде деревянных коробов или асбестовых труб. Если Вы этого не сделали, то необходимо пробить отверстия до засыпки.
Если имеется фундаментная цокольная часть здания - превышение фундамента над землей, то продуховые отверстия выполняются в цокольной части фундамента и приямки не требуются. Если на фундамент будет выкладываться цокольная часть из кирпича (и пол будет опираться на кирпичный цоколь), то при кладке в ней и выполняются продухи.

оставить для вентиляции

Обязательно оставить для вентиляции иначе сырость будет в доме