На ванную 6,5 кв. хватит вентилятора 100 -ка или надо 125?

Хватит! Много не ставь, замерзнешь и шуметь будет! Надеюсь 100 и 125 это м3/час?! Потому как если речь о диаметре, то 100мм вполне хватает!

больше чем может выдать канал вам никакой вентилятор не даст.

В 95% случаев вентилятор в ванной на... совсем не нужен.
Чаще всего достаточно сделать отверстие в двери или в стене ванной, невысоко от пола. Это отверстие можно снабдить задвижкой, и прикрывать на время купания, в холодное время, и ОБЯЗАТЕЛЬНО открывать после купания \ душа. Тогда вентилятор НЕ нужен, кроме невысоких частных домов, кроме одного-двух последних этажей многоэтажек. Полностью хватает естественной тяги. Или организовать режим постоянно приоткрытой двери, со щелью в 2-3 мм.
Часто необходимо организовывать приточную вентиляцию КВАРТИРЫ \ дома. Особенно там, где сделали ХОРОШИЙ ремонт, с герметичными дверями, герметичными окнами, заделанными щелями. Представьте, что Вам заклеили рот, а потом вакуумными насосами пытаются добыть из вашего организма отходы жизнедеятельности. Не давая ни пить, ни есть. То же самое получается, когда уничтожают приточную часть вентиляции и усиливают вытяжки.

Конечно лучше 125

Измерение идет по производительности 1ч/м3, а не диаметром .

Подбирать надо по производительности (м3/час) и с кратностью воздухообмена (7-9)

100 это диаметр вентилятора. м3 сколько он выдаёт? Впрочем для 6м2, любой подойдет. И ещё нужно смотреть тягу (забита или нет вентшахта в квартире), иначе не поможет.