Ремонт крыши из профиля

Поставить на силикон накладки и заклепать. Снегозадержатели надо крепить болтами М10 насквозь, с шайбами из резины и гайками, в нижнюю часть волны, в силовой каркас обрешетки.
У вас - хрень какую то сделали

Элементарно. Снимаешь листы и режешь поперек волны 2 раза, вырезая часть с отверстием.
Усредняешь размер, настилаешь кровлю, нащеливаешь 12 см там, какой уклон.

А на будущее запоминаешь, что крепеж кронштейнов снегозадержания делается не в обрешетку, а либо в стропилу, либо в ребро листа продольно заводится брусок, под обрешетку заводится парный брусок и далее бруски стягиваются через обрешетку.
И только потом крепится кронштейн, насквозь болтом через 2 бруска и обрешетку, длина брусков около метра

Шлифануть дырки болгаркой с зачистным диском, на каждую прокладочку из рубероида или резины, сверху пластинку из такого же профлиста, и прикрутить на пару коротких кровельных саморезов... Как вариант.

РЕМОНТ ВОЗМОЖЕН
НО С УЧЕТОМ СКАЗАННОГО

Надо вырезать пластины из металла, лепить их на кровельный герметик и заклёпки. Колбаса под пистолет –

Ставишь на место эти же снегозадержатели только надо вдвоём оди под крышей, саморезы кровельные на 70мм. второй из подкрыши подкладывает доски 25 мм, зоо-400 мм длиной и будут держаться намертво! Ну а перед прикручиванием мазануть селиконом волна верхняя в неё не протечёт!)

Пленку серпянку пальцем в дыру, туда смесь пенопласта с бензином. Дать застыть, сверху пленку серпянку.

Герметик, накладка и заклёпочник, самое простое.

силикон. - называется аквариумный . в разы лучше чем специальные герметики для кровли. Во первых он прозрачный . во вторых приклеишь им заплатку например тот же кусочек метала. оторвать очень трудно . сам не оторвётся точно. Даже можно без заплаток - одним силиконом - его почти не будет видно. И солнце его не сжигает

Мембрана под металлом постелена?

Заплатки напаять

Думается- снять эти листы и положить новые- будет самым правильным решением.
Заипёсся ремонтировать такие дыры. А надёжно и не сделаешь.

Самое верное решение будет это перестелить кровлю на новую. Да деньги, но это лучший вариант. У меня сестре недавно в загородном доме строители из отдела достройки кровлю меняли. Она хвалила строителей. Латать 40 таких дыр мне кажется временным решением проблем с кровлей и сильно трудозатратным

40 дырок в крыше - это очень много, фактически вся крыша дырявая и я лично считаю, что чем пытаться чем-то заделать эти дырки, лучше новые листы профлиста положить. Я, кстати, в прошлом году меня крышу дома с деревянной на металлическую, делали специалисты с 40.st-nv.ru они мастера в этих делах.