как расположить документы уголовного дела по порядку?

Все документы должны распологаться в хронологическом, вопросно-логическом порядке.

А УПК не регулирует каким образом должны располагаться материалы в деле. Как душе угодно. Главное что бы дело было читабельным.

Вот один из возможных вариантов:
4)постановление о возбуждении уголовного дела и принятия его к производству
5)заявление о преступлении
7)постановление о признании потерпевшим
2)постановление о назначении биологической судебной экспертизы
3)протокол допроса свидетеля
6)протокол задержания подозреваемого
1)протокол предъявления лица для опознания
10)постановление о возбуждении перед судом ходотайства об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу
11)постановление об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу
8)постановление о привлечении в качестве обвиняемого
12)постановление о признании гражданским исцом
9)исковое заявление о возмещении ущерба причиненного преступлением

Также надо учесть:
что 3) может быть в любом месте после 4) и 5) - допрос свидетеля может быть в любом месте.
Также 2) может быть в любом месте после возбудения дела (назначение эспертизы) .
8) может идти и перед 10) - на избрание МП в виде заключения под стражу может быть представлен как подозреваемый, так и обвиняемый.

Я бы предложила такой вариант, учитывая, что: 1. экспертиза может быть в любом месте после ВУД, 2. после протокола задержания не хватает протокола допроса подозреваемого, 3. документы по мере пресечения могут быть и до привлечения в качестве обвиняемого, тогда кульминацией событий будет привлечение в качестве обвиняемого. 4. если потерпевший и гражданский истец одно и то же лицо, как правило, эти документы оформят подряд, 5. экспертиза может быть связана с подозреваемым, тогда ее переместим на после задержания. Получаем:
1)постановление о возбуждении уголовного дела и принятия его к производству
2)заявление о преступлении
3) постановление о признании потерпевшим
4) исковое заявление о возмещении ущерба причиненного преступлением
5) постановление о признании гражданским истцом
6)постановление о назначении биологической судебной экспертизы
7)протокол допроса свидетеля
8)протокол задержания подозреваемого
9)протокол предъявления лица для опознания
10)постановление о привлечении в качестве обвиняемого
11)постановление о возбуждении перед судом ходатайства об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу
12)постановление об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу .

5
4
7
3
6
1
10
11
2
9
12
8

Насчет 9 и 12 пунктов мнения могут разойтись.. точно норму не помню - сталкиваюсь крайне редко.