обвиняют по ст.292 УК. В 2009 г. гл.бух выписала справку о з/п сотруднику, где указала з/п меньше.Что будет?

Я так понимаю в Вашем случае речь идет о ч 2 ст 292 УК РФ, а это преступление средней тяжести и срок давности привлечения к уголовной ответственности 6 лет. (была бы ч. 1 ст 292 УК РФ - там 2 года)
А у Вас была корыстная или иная личная заинтересованность? Вы сведения о з/п указали заведомо или ошибочно неверные? Ущерб 2 т. р. или больше?
Пригласите адвоката.

1. Служебный подлог, то есть внесение должностным лицом, а также государственным служащим или служащим органа местного самоуправления, не являющимся должностным лицом, в официальные документы заведомо ложных сведений, а равно внесение в указанные документы исправлений, искажающих их действительное содержание, если эти деяния совершены из корыстной или иной личной заинтересованности (при отсутствии признаков преступления, предусмотренного частью первой статьи 292.1 настоящего Кодекса) , -

наказываются штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.

2. Те же деяния, повлекшие существенное нарушение прав и законных интересов граждан или организаций либо охраняемых законом интересов общества или государства, -

наказываются штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет либо лишением свободы на срок до четырех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

Крепитесь. Дай Бог пронесёт