Работодателем была выплачена излишняя сумма командировочных

Для начала, Вам необходимо предоставить авансовый отчёт о потраченных суммах. А его вы предоставить обязаны.
Безусловно, можно и смахинировать, если сумеете договориться с арендодателем квартиры о завышении в расписках стоимости аренды (чтоб удержал меньше или вообще ничего, в зависимости, насколько сумма командировочных объективно превысила необходимую потребность).
Запрашивать с вас заявление они имеют право, но без авансового отчёта вы можете ничего не писать. Когда авансовый сдадите, тоже можете не писать. И если в течение года не напишите сами, то работодатель может с вас удержать остаток лишь в том случае, если докажет наличие счётной ошибки. Или премий не дополучите и отношения испортите.
Если же напишите, то просите удерживать частями, в соответствии с требованиями трудового кодекса.
По трудовому кодексу, больше 20% с аванса и зарплаты удерживать не могут, только если вы сами в заявлении не попросите удержать весь остаток единоразово.
В любом случае, сначала предоставьте авансовый отчёт и пляшите от суммы остатка, который окажетесь должны.
Если в течении года не подадите такое заявление, удержать не смогут без вашей воли. А срок запроса таких заявлений - не больше года. Потом наступает срок исковой давности.

Оплатите и увольняйтесь. Сарафанное радио никто ещё не отменял.

Классно, и сразу уволиться согласен

Написать заявление - самый простой, самый лучший способ решения вопроса. Заявление можно и не писать, всё равно удержат всю переплату в полном размере, но это уже конфликт с работодателем. Можно уволиться - тогда взыщут через суд. Судебные издержки - тоже за ваш счёт. Плюс "отличная запись в трудовой".
А бухгалтер, конечно, получит нагоняй. Возможно, даже выговор.