В русской народной медицине отвар душицы принимали при ревматизме, судорогах, эпилепсии, параличах, болях в животе. Настой душицы принимали при болезнях желудка, простуде и всевозможных гинекологических болезнях. При рахите и золотухе у детей их купали в отваре душицы. Ванны из отвара душицы принимали при различных сыпях. Маслом, полученным из душицы, натирали парализованные части тела. Отвар пили при бессоннице, одышке, головной боли. Наружно отваром и настоем душицы мыли голову при головных болях и для стимулирования роста волос.

Трава душицы внесена в фармакопеи многих стран: Чехословакии, Дании, Франции, Австрии, Польши, Норвегии и др.
Душица широко используется в официальной медицине. Настои и отвары из ее травы применяют при атонии кишечника, как возбуждающее аппетит и успокаивающее центральную нервную систему средство. Они усиливают секрецию пищеварительных, бронхиальных и потовых желез, обладают обезболивающим и ветрогонным действием при заболеваниях кишечника. Внутрь душица применяется при остром и хроническом бронхите, болях в желудке и кишечнике спастического характера, заболевании печени и желчевыводящих путей.
Душица обладает обезболивающим, противосудорожным ранозаживляющим свойством. Настои и отвары душицы применяют при кашле и удушье, бронхитах и туберкулезе легких, для полоскания при воспалительных заболеваниях полости рта и глотки. Настои и отвары из душицы помогают при гипертонии. Используют их наружно в качестве примочек и компрессов, при экземе, различной зудящейся сыпи, для промывания ран, при фурункулах и нарывах. Показаниями для применения являются бессонница, гипо- и анацидные гастриты. Траву душицы отдельно и в смеси с другими растениями в виде сборов, чаев или комплексных препаратов назначают для повышения аппетита, улучшения пищеварения, особенно при секреторной недостаточности желудочно-кишечного тракта, при холециститах и дискинезии желчевыводящих путей, а также при энтероколитах, сопровождающихся запорами и метеоризмом. Препараты из растения назначают в качестве отхаркивающего средства при острых и хронических бронхитах. Трава душицы входит в состав грудного и потогонного чая и в сбор для полоскания горла при лечении ангин, хронических тонзиллитов, гингивитов.