Почему мертвый зуб болит даже при наличии что там все каналы хорошо запломбированы?

Не поверишь: иногда всё объясняется тем, что вмешавшийся врач не подходит тебе энергетически. Т. е. чисто технически, всё, вроде как, хорошо - а зуб всё равно волнуется. Это может пройти, со временем; а может и не пройти. Науке сие доподлинно неизвестно.
И, самое главное: каналов и их ответвлений может, в реальности, быть больше, чем нашёл врач, и, чем видно на снимке.
Знаю случай, когда человеку трижды один и тот же зуб вскрывали, всё переделывали - а боль не проходила, на протяжении двух или трёх лет. Человек пошёл в четвёртый раз, попал на приём к молодой девушке, чуть ли ни только что с практики. Судя по описанию, она тоже сказала, что всё, вроде как, нормально - но увидела что-то там совсем незначительное, с внешней стороны зуба (т. е. ничего не вскрывала). Она это заделала (видимо, небольшой кариес) - и, о, чудо, всё прошло!
Подобные случаи происходят намного чаще, чем большинство непосвящённых могут себе представить.
Так что: не факт, что всё в порядке - даже, если визуально всё "в порядке". Организму, в любом случае, виднее.

корень зуба воспалился

Воспаление сумки зуба в десне никто не отменял

Если запломбирован давно и боль при накусывании это периодонтит. Если свежее пломбирование каналов - нимесил дня 3. (Реакция на пломбирование каналов)

боль постепенно должна пройти, если не сильная. Такое бывает, но нужно время.

Сходите на прием к челюстно лицевому хирургу и ЛОРу. Возможные причины -воспаление нерва, воспаление околоушных желез, гайморит, отит.

Рано или поздно это случится. Иди на рентген

Нерв не удалил - будет боль.

Фантомная боль

одна психиатр рассказывала, как у нее была проблема с ногой и она испытывала боль 3месяца, а после полного излечения ноги боль оставалась. Все снимки показывали полное отсутствие проблем. Причина в том, что при длительной боли (больше 2-3месяцев) разрушаются миелиновые оболочки нервных волокон. И когда человек выздоравливает, то нервы не могут посылать правильные сигналы, они искажены. Пропив необходимые лекарства на восстановление миелиновых оболочек, она избавилась от боли. Или возможно со временем эта боль исчезнет.