Пропишут ли мою жену в квартиру и поменяют паспорт по смене фамилии одновременно?

Конечно всё сделают сразу. Нафига им двойную работу делать.
Для замены паспорта гражданин представляет:
заявление по форме, установленной Министерством внутренних дел Российской Федерации;
паспорт, подлежащий замене;
две личные фотографии размером 35 x 45 мм;
документы, подтверждающие основания для замены паспорта.
Граждане для получения или замены паспорта представляют необходимые документы и личные фотографии соответствующим должностным лицам жилищно-эксплуатационных организаций государственного и муниципального жилищных фондов, жилищно-строительных и жилищных кооперативов, домов-интернатов для инвалидов, ветеранов, одиноких и престарелых, гостиниц-приютов и других учреждений социального назначения, государственных и муниципальных организаций и учреждений, имеющих жилищный фонд на праве хозяйственного ведения или на праве оперативного управления, а также акционерных обществ и коммерческих организаций, имеющих жилищный фонд.
Указанные должностные лица обязаны представить в 3-дневный срок переданные гражданами документы и личные фотографии в территориальные органы Федеральной миграционной службы для оформления паспорта.
Граждане вправе также представлять необходимые для получения или замены паспорта документы непосредственно в территориальные органы Федеральной миграционной службы.
Гражданин, изменивший место жительства, обязан не позднее 7 дней со дня прибытия на новое место жительства обратиться к должностным лицам, ответственным за регистрацию, и представить:
документ, удостоверяющий личность;
заявление установленной формы о регистрации по месту жительства;
документ, являющийся основанием для заселения в жилое помещение (ордер, договор, свидетельство о праве на наследство жилого помещения, решение суда о признании права пользования жилым помещением, заявление лица, предоставившего гражданину жилое помещение, либо иной документ или его надлежаще заверенная копия) .
В случае отсутствия жилищно-эксплуатационных организаций при заселении жилых помещений, принадлежащих на праве собственности гражданам или юридическим лицам, указанные документы представляются этим гражданам или представителю юридического лица, на которого возложены обязанности по контролю за использованием жилых помещений.
Должностные лица, ответственные за регистрацию, а также граждане и юридические лица, предоставляющие для проживания принадлежащие им на праве собственности жилые помещения, в 3-дневный срок со дня обращения граждан передают документы, указанные в пункте 16 настоящих Правил, вместе с адресными листками прибытия и формами статистического учета в органы регистрационного учета.
Органы регистрационного учета в 3-дневный срок со дня поступления документов регистрируют граждан по месту жительства и производят в их паспортах отметку о регистрации по месту жительства. Гражданам, регистрация которых производится по иным документам, удостоверяющим личность, выдается свидетельство о регистрации по месту жительства.
Идите с указанными документами в ЖЭК, они всё сделают.

Вам необходимо согласие всех нанимателей жилого помещения для регистрации вашей жэены, все заявления вы заполняете в паспортной службе при ЖКХ. Необходимо свидетельство о браке . квитанцию о государственной пошлины на замену паспорта, фотки.