Могу ли я выплачивать алименты лично сыну, ему 16, а не через маму, он учится в другом городе, отдельно от неё.

Можете открыть счет на имя ребенка в банке, куда можете переводить не более 50% суммы алиметов, для этого вам необходимо обратиться в суд с заявлением для получения разрешения на перевод части алиментов на расчетный счет ребенка - статья 60 семейного кодекса РФ:

Статья 60. Имущественные права ребенка

1. Ребенок имеет право на получение содержания от своих родителей и других членов семьи в порядке и в размерах, которые установлены разделом V настоящего Кодекса.
2. Суммы, причитающиеся ребенку в качестве алиментов, пенсий, пособий, поступают в распоряжение родителей (лиц, их заменяющих) и расходуются ими на содержание, воспитание и образование ребенка.
Суд по требованию родителя, обязанного уплачивать алименты на несовершеннолетних детей, вправе вынести решение о перечислении не более пятидесяти процентов сумм алиментов, подлежащих выплате, на счета, открытые на имя несовершеннолетних детей в банках.
3. Ребенок имеет право собственности на доходы, полученные им, имущество, полученное им в дар или в порядке наследования, а также на любое другое имущество, приобретенное на средства ребенка.
Право ребенка на распоряжение принадлежащим ему на праве собственности имуществом определяется статьями 26 и 28 Гражданского кодекса Российской Федерации:

Статья 26. Дееспособность несовершеннолетних в возрасте от четырнадцати до восемнадцати лет

1. Несовершеннолетние в возрасте от четырнадцати до восемнадцати лет совершают сделки, за исключением названных в пункте 2 настоящей статьи, с письменного согласия своих законных представителей - родителей, усыновителей или попечителя.
Сделка, совершенная таким несовершеннолетним, действительна также при ее последующем письменном одобрении его родителями, усыновителями или попечителем.
2. Несовершеннолетние в возрасте от четырнадцати до восемнадцати лет вправе самостоятельно, без согласия родителей, усыновителей и попечителя:
1) распоряжаться своими заработком, стипендией и иными доходами;
2) осуществлять права автора произведения науки, литературы или искусства, изобретения или иного охраняемого законом результата своей интеллектуальной деятельности;
3) в соответствии с законом вносить вклады в кредитные учреждения и распоряжаться ими;
4) совершать мелкие бытовые сделки и иные сделки, предусмотренные пунктом 2 статьи 28 настоящего Кодекса.

Только при согласии матери

Нет, вы обязаны выплачивать алименты лицу в пользу которого взысканы алименты, то есть маме ребенка, А так мама может заявить о том, что вы ен выплачиваете алименты и у вас возникнет задолженность. Если у вас алименты взысканы по суду, то у судебного пристава исполнителя возбуждено исполнительное производство.

для сына Вы можете открыть дополнительный счет (например, банковскую карту на свое имя), и перечислять на него деньги в том количестве, которое сочтете нужным. А алименты обязательно платить матери.

Не можете. Все через маму.

У вас имя женское... а если ты мужик, то он тебя должен ждать ВСЕГДА, деньги можно
ложить на его счет-открой его и верни доверие!

он вместе с мамой должен написать расписку исполнительным органам что претензий к вам не имеет деньги получает вовремя и в указанном количестве

владимер агонен вопрос к вам, как родитель может открыть счет на ребенка 16 лет, и как ребенок может снять деньги.