подскажите пожалуйста как быть в данной ситуации?!

Никто из жен прав на квартиру и наследство не имеет. Никаких.

Права на квартиру есть у обоих детей (и 11 летнего и у 3-летнего) и у родителей мужчины (если они еще живы) .
Все наследники наследуют в равных долях.

Для второй жены хорошо, если родители мужа живы и согласны будут прописать ее в этой квартире.

Повторение вопроса. Много эмоций, 0 информации.

Если по отношению ко второму ребенку отцовство не установлено, то наследниками первой очереди по закону являются дети, супруг или супруга в браке и родители наследодетеля - ст. 1142 ГК РФ. В данной ситуации наследник 11 летний сын. Гражданская жена право на наследство не имеет, если отцовство установлено по отношению ко второму ребенку, то и он является наследником.

кто хозяин квартиры для начала? если квартира была в собственности - наследуют в равных долях дети, переживший супруг и родители.

Ситуация, наоборот, вполне понятная.
Если квартира является собственностью умершего, то наследником является 11-летний ребенок. Его мама (бывшая жена) имеет право распоряжаться квартирой в интересах ребенка, как законный представитель ребенка. Так называемая "гражданская жена"-просто сожительница и прав никаких не имеет, ее ребенок, если отцом не признан-тоже никто.
Если квартира не приватизирована, то 11-летний ребенок, как постоянно зарегестрированный в данной квартире имеет полное право проживать в ней, приватизировать эту квартиру. Его мама имеет полное право проживать там, как законный представитель.

будут наследовать наследники первой очереди, все в равных долях

Статья 1142. Наследники первой очереди

1. Наследниками первой очереди по закону являются дети, супруг и родители наследодателя.

Гражданская жена с дитятком ни на что не имеют права. 11летнего парня курирует ближайший родственник до совершеннолетия распоряжается иммуществом, т. е. его мама

Наследники - дети умершего мужчины, что один прописан, а второй нет не играет роли. Еще наследниками будут родители этого мужчины, если они живы.

Если второй ребенок был записан на отца то он имеет тоже право на квартиру. А если нет то это надо будет доказать в суде.