Если я гражданин РФ могу ли я зарегистрировать со своей супругой брак на Мальдивах ?

Вопрос не в том, где территориально вы поставите галочку в заявлении, а в том, по чьим законам будет зарегистрирован брак.

Существует несколько вариантов.
1)Заявление о вступлении в брак вы подаете в России и все необходимые документы отправляются из России на Мальдивы. В указанный день и час на Мальдивах вас дожидается представитель российского ЗАГСа и вы ставите свои подписи, где нужно.
После возвращения в Россию, вы посещаете ЗАГС и ваш брак заносят в базу данных "задним числом".
Такая процедура обойдется в 30-100 тысяч рублей - брак считается заключенным по российским законам.
2)Вы НЕ подаете заявление в российский ЗАГС и, приплатив кому нужно, просите, чтобы вас зарегистрировали по законам Мальдив. Вас регистрируют и вы считаетесь мужем и женой по законам Мальдив. Однако в России вы не считаетесь мужем и женой и необходимо тащить в ЗАГС свидетельство о заключении брака на Мальдивах и кучу всяких бумаг, чтобы ваш брак "подтвердили в России". Самый геморройный способ.
3)Самый легкий способ, который практикуют все. Вы спокойно и тихо расписываетесь в России и заключаете в России брак.
Далее с толпой гостей или одни едите на Мальдивы и заказываете там красивую свадебную церемонию.
Церемония - просто представление, никаких бумаг на Мальдивах вы не подписываете, все уже подписано в России.
Геморроя - ноль, красота - на уровне, все довольны и по деньгам выйдет втрое дешевле чем вариант 1.

насколько мне известно, здесь придется тоже в загсе заключать брак

можешь, если Мальдивийкие власти не будут против.
а они не будут против, если забашляешь.

да, если будет разрешение с посольства РФ и согласие со стороны мальдив.

Врятли