Как подать на алименты. Брак был гражданским, я не знаю где искать отца своих детей, которых воспитываю одны 16 лет

Вы можете подать на взыскание алиментов при условии, что Вы и бывший сожитель указаны в качестве родителей детей в свидетельствах об их рождении.
Учитывая, что местонахождение потенциального плательщика алиментов Вам неизвестно, Вы можете подать исковое заявление о взыскании алиментов на содержание несовершеннолетних детей (до достижения ими возраста 18 лет) мировому судье по своему месту жительства (п. 4 ч. 1 ст. 23, ч. 3 ст. 29 ГПК РФ) .

В любом случае в исковом заявлении должно быть указано место жительства ("прописка") ответчика (п. 3 ч. 2 ст. 131 ГПК РФ) . Укажите последнее известное Вам место жительства отца детей, но также укажите, что место фактического пребывания ответчика неизвестно. В этом случае ему по определению мирового судьи должен быть назначен представитель - адвокат (ст. 50 ГПК РФ) , а также объявлен розыск (ст. 120 ГПК РФ) .
Алименты - в случае удовлетворения иска - будут присуждены со дня обращения в суд. На прошлое время (но не более чем за 3 года до предъявления иска) алименты могут быть взысканы, если Вы предъявите судье доказательства того, что предпринимали попытки взыскать алименты с ответчика, но он уклонялся от их уплаты (ст. 107 Семейного кодекса РФ) .
На основании решения об удовлетворении иска Вам будет выдан исполнительный лист, который может быть предъявлен Вами соответствующему судебному приставу-исполнителю.

Но сможете ли Вы что-то реально получить с ответчика?

а он вписан в свидетельство о рождении?

Думать надо головой а не п.. . И пораньше чуток. Теперь вырастут бандиты беспризорные.

алименты выплачиваются до 16 лет, позно уже

Да поздно уже-надо было сразу-теперь долгая процедура.

А кто его будет искать? Секретарь, чтобы вручить повестку? И как данного гражданина извещать о судебном заседании? Вы должны суду предоставить хоть какие-то координаты!
Алименты выплачиваются в России до совершеннолетия - до 18 лет. Будут взыскиваться с момента подачи искового заявления или судебного приказа в суд.