Подскажите как лучше оформить у нотариуса?

Вы должны понимать, что "кто где фактически живет" и "кто по документам собственник жилья" - это вообще разные вещи.

Брат хочет переехать с семьей в трешку - от того, что он туда просто переедет и будет там жить, трешка его собственностью не станет, останется собственностью вашей матери.

А после ее смерти будет унаследована вами и братом без учета того, кто из вас где жил.

Насколько я понимаю, ваша обида и беспокойство основаны на двух моментах:
1)видимо вы хотели бы, чтобы мамина трешка была запасным вариантом проживания для вас самой.
НУ что поделать - вам сейчас жить есть где, а брату с семьей как бы негде. Проблемы надо решать по мере поступления. Если у вас будут проблемы - тогда ваши родители будут думать как решать ВАШИ проблемы, а пока они озабочены братом.
2)вы боитесь, что трешка окажется в собственности брата по документам.
Об этом стоит поговорить прежде всего с родителями. Спросить их, собираются ли они оформлять договор дарения на брата или нет. Я почти уверена, что никто не собирается этого делать.
А если собираются - то можно тактично поднять вопрос "а справедливо ли, что жилищные проблемы брата будут целиком и полностью решены за ваш, родители, счет, а мои жилищные проблемы повиснут только на мне и моем муже? Давайте может пополам?"

как родителя захотят так и сделают

В РФ нет дарения с правом пожизненного проживания.
Это называется "рента".
И с какой это стати отец должен обеспечивать ваших детей жильем? У ваших детей есть родители.

Лучше дарение, конечно. Это и дешевле и надежнее.

Если все оставить как есть сейчас, то вы итак наследница по закону. Главное, чтобы квартира не была подарена брату полностью.

Ты в любом случае имеешь половину по закону.