Как заплатить налог с безденежной сделки?

Я бы учел этот вид работ как для собственных нужд, ибо работникам, участвующим в выполнении услуг надо платить. А учтеный от вашего предприятия взнос, он не несет в себе обратного восполнения. Его нельзя вернуть, при ликвидации некоммерческой структуры Вам ничего не вернется, то есть весьма абстрактная величина. Членство и все. Без каких-либо материальных выгод, за исключением участия в некоторых проектах, которые могут что-то дать, вот там и будет учтено все как подобает по НК РФ. Переговорите с Вашим руководством о моем предложении.

В соответствии со ст. 146 НК РФ передача права собственности на товары, результатов выполненных работ, оказание услуг на безвозмездной основе признается реализацией товаров (работ, услуг) ;
Таким образом стоимость выполненных работ будет объектом налогообложения НДС, причем платить будете Вы.
В соответствии со ст. 270 НК РФ При определении налоговой базы по налогу на прибыль не учитываются следующие расходы:
в виде стоимости безвозмездно переданного имущества (работ, услуг, имущественных прав) и расходов, связанных с такой передачей;
Ьо есть эти расходы Вы к томуже должны произвести из чистой прибыли. Таким образом выполняя безвозмездные работы Вы реально оплатите от их стоимости 18% в виде НДС и ко всему прочему теряете 20% так как именно на сумму работ можно было уменьшить налогооблагаемую базу по прибыли.
Посчитайте, а Вам это вообще надо. В налоговую никаких документов кроме деклараций представлять не надо. Будет выездная проверка они сами все посмотрят и посчитают.

Работа обязательно должна быть осмечена ( составлена смета) , это и будет ценой договора. В договоре обязательно должна быть проставлена стоимость, иначе как бухгалтерия учтет, сколько в денежном выражении НКО внес членских взносов? И со стоимости выполненной работы некоммерческая организация в сооттветствии со своим Положением о бухучете будет вностить налоги. Так что в данном случае ваш договор не безденежный. Безденежных договоров не бывает Бывает безвозмездный, договор мены.. . Но и с таких сделок платятся налоги

Что бы легче было разобраться в вашей ситуации, или в аналогичном бартере, нужно рассмотреть эти операции отдельно друг от друга.
1. ООО выполняет работу по обустройству офиса НКО. В любом случае эта работа должна быть оценена. В вашем случае, цена определена. (Членские взносы имеют же денежную оценку) . С этой суммы должны быть уплачены налоги.
2. ООО оплачивает членские взносы в НКО.
Членские взносы оплачиваются за счет чистой прибыли предприятия ( после уплаты всех налогов) .
Т. е. даже, если сделка не предполагает денежного расчета, и является особой, налоги ООО заплатит с данной оказанной услуги как с любой обычной сделки.