срок исковой давности

По первому пункту. Видимо у Вас грядет или уже выездная проверка? сроки охвата решением о проведении выездной проверки финансово - хозяйственной деятельности налогоплательщика - 3 года (п. 4 ст. 89 НК РФ) , а не сроки исковой давности. Вообще это понятие не уместно к нормам налогового законодательства в отношении контрольных мероприятий. Так если сейчас 2009 год, то проверить предприятие можно с 2006 по настоящее время. Никто не может у Вас затребовать отчетность 2004 года. Тогда ВНП надо было проводить в 2007 году. Тем не мнее, если запрашиваемые документы 2004 года необходимы для проведения проверки правильности исчисления и своевременности уплаты какого - либо налога 2006 года, то впринципе нарушений со стороны Инспекции нет, если они их затребуют (ст. 93 НК РФ не содержит подобных ограничений) . Хотя это мало вероятно.
Теперь второй пункт - требуют то у Вас сейчас, значит и ответственность наступает в данный момент и ст. 113 НК РФ здесь не причем. Однако, если бы занижение налоговой базы было обнаружено за период 2004 года, например по прибыли, то сроки привлечения по ст. 122 НК РФ истекли в 2007 году. Тут вопрос в другом, Инспекция должна потребовать строго определенный список первичных документов, иначе привлечь по ст. 126 НК РФ не представляется возможным. Эта практика появилась года три назад и ВАС РФ ее поддержал. Вы ее найдете без труда.
Таким образом, в кратце проверить напрямую 2004 -2005 года не представляется возможным и доначислить, ну а уж если это по каким - либо обстоятельствам произошло, то санкции по ст. 119, 120, 122 НК РФ за те периоды уже точно не возможно доначислить. Можно только сейчас по ст. 126 НК РФ за невыполнение требований налогового органа.

Статья 200 ГК РФ. Начало течения срока исковой давности
1. Течение срока исковой давности начинается со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права. Изъятия из этого правила устанавливаются настоящим Кодексом и иными законами.

Начнем с того, что за отсутствие или неправильное оформление бухгалтерских документов предприятие несет налоговую ответственносить по ст. 120 НК РФ. Размер штрафа составляет 5000 рублей, однако если документ относится к нескольким налоговым периодам, то сумма возрастает до 15000 рублей. Если же это повлекло занижение налоговой базы, то сумма штрафа составит 10 % от суммы неуплаченного налога.
Необходимо отметить, что согласно ст. 23 НК РФ документы налогового учета хранятся 4 года. Однако согласно закону № 129-ФЗ от 21 ноября 1996 года "О бухгалтерском учете" срок хранения первичных документов составляет 5 лет. Поскольку на практике разграничить эти виды сложно - инспекция вправе проверить все документы и наложить штраф за неправильное их оформление.
Тем боле, что согласно ст. 113 срок исковой давности в три года не относится к случаям утраты или неправильного оформления документа. Если Вы опасаетесь налоговой проверки, то рекомендую ознакомиться с постановлением ФАС Уральского округа от 25 сентября 2008 года № Ф09-6749/08С-2. В нем говорится о том, что штраф обоснован только тогда когда выполнены два условия:
- на конец налогового периода у предприятия имеется задолженность;
- налоговая задолженность не погашена до составления акта проверки.
Таким образом, если Вы добровольно заплатите сумму задолженности штрафа не будет.

Не забывайте, что в законе есть оговорка " С МОМЕНТА ОБНАРУЖЕНИЯ " Так что срок давности может исчисляться с момента обнаружения ошибок.