Я выставил заказчику счет в евро, каким образом мне производить уплату налога, ко мне применена УСН-6%, в какой валюте?

Исходя из имеющихся разъяснений финансовых и налоговых органов организации, применяющей УСН, с объектом налогообложения "доходы" целесообразно учитывать доходы в виде положительных курсовых разниц в порядке, установленном п. 8 ст. 271 НК РФ, с отражением их в Книге доходов и расходов.
В противном случае организации, скорее всего, придется доказывать свою правоту в суде.
Регистрируется же операция по отражению дохода в виде положительной курсовой разницы в Книге доходов и расходов на основании бухгалтерской справки, содержащей все обязательные реквизиты, установленные п. 2 ст. 9 Закона N 129-ФЗ, и составленной на основании выписки банка по валютному счету.
Датой внесения записи (возникновения курсовой разницы) официальные органы считают наиболее раннюю из дат: дату перехода права собственности по операциям с соответствующим имуществом и (или) последний день отчетного (налогового) периода.
Обоснование вывода:
При применении организацией УСН и избрании при этом объектом налогообложения "доходы" следует руководствоваться общим порядком определения и признания доходов.
Так, согласно п. 1 ст. 346.15 НК РФ налогоплательщики при определении объекта налогообложения учитывают:
- доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 НК РФ;
- внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 НК РФ.
Внереализационными доходами налогоплательщика (по п. 2 и п. 11 ст. 250 НК РФ) могут признаваться: либо доходы в виде положительной (отрицательной) курсовой разницы, образующейся вследствие отклонения курса продажи (покупки) иностранной валюты от официального курса, установленного ЦБ РФ на дату перехода права собственности на иностранную валюту; либо доходы в виде положительной курсовой разницы, возникающей от переоценки имущества в виде валютных ценностей (за исключением ценных бумаг, номинированных в иностранной валюте) и требований (обязательств) , стоимость которых выражена в иностранной валюте, в том числе по валютным счетам в банках, проводимой в связи с изменением официального курса иностранной валюты к рублю Российской Федерации, установленного ЦБ РФ.
Положительной курсовой разницей в целях главы 25 НК РФ признается курсовая разница, возникающая при дооценке имущества в виде валютных ценностей (за исключением ценных бумаг, номинированных в иностранной валюте) и требований, выраженных в иностранной валюте, либо при уценке выраженных в иностранной валюте обязательств.
Таким образом, главой 26.2 НК РФ установлена обязанность для организаций, применяющих УСН, учитывать при исчислении налога положительные курсовые разницы, образующиеся при операциях с иностранной валютой.

А, вообще-то, если у вас тяжело с вопросами учета и налогообложения, то лучше бы нашли себе нормального бухгалтера или консультанта.
Можно, конечно, еще читать специализированную литературу, что, кстати, полезно, но в вопросах общения с налоговыми органами все равно лучше обратиться к налоговому специалисту.