Может ли у юр.лица быть ИНН г.Санкт-Петербурга, а КПП г.Москвы???

Легко! ИНН присваивается сразу и навсегда и не меняется пока предприятие вообще существует.
А КПП, во-первых, присваивается не только по месту нахождения самого предприятия (еще и имущества, и обособленных подразделений) , а во-вторых, при смене юридического адреса может менятся (потому что меняется налоговая инспекция, в которой оно стоит на учете)
Так что вариантов такого сочетания, которое Вас заинтересовало может буть уйма. Например,
1) юридический адрес у предприятия Санкт-Петербург, а в Москве у него:
- филиал, представительство, обособленное подразделение, рабочее место (офис с девочкой, принимающей письма)
- земельный участок, здание, склады, транспортные средства
2) предприятие первоначально было создано в Санкт-Петербурге, а потом головной офис "переехал" в Москву и юридический адрес изменился
3) предприятие было создано в Санкт-Петербурге, но ФНС отнесло его к категории крупнейших и передало на учет в Межрегиональную инспекцию по крупнейшим по г. Москве
Более точно можно сказать, если знать сам код КПП, полностью - из него много чего видно... .

Может, если первичная постановка на налоговый учет (с получением ИНН) происходила в .Санкт-Петербурге, а в дальнейшем юр. лицо поменяло место нахождения на Москву. При этом ИНН сохраняется, но постановка на учет в Москве сопровождается выдачей нового Свидетельства со старым ИНН и с новым КПП.

может если на территории Москвы у этого юр. лица открыто обособленное подразделение или филиал.

ну как правило первые цифры кпп берутся из ИНН