На какой орган подавать в суд, на налоговую, или пенсионный фонд?

Думаю, что надлежащий ответчик - ИФНС, т. к. именно этот гос. орган принимает решение о прекращении деятельности ИП и Вы подавали заявление в указанную инстанцию. Пенсионный фонд может быть привлечен в качестве третьего лица в процессе.

Да, Галина, имеют право отказать на таком основании.
Согласно п. 1 ст. 22.3 Закона N 129-ФЗ государственная регистрация при прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя осуществляется на основании следующих документов:
- заявление о государственной регистрации по форме N Р26001;
- платежный документ, подтверждающий уплату государственной пошлины в установленном размере;
- документ, подтверждающий представление в территориальный орган ПФР сведений о персонифицированном учете.
Форма документа, подтверждающего представление в территориальный орган ПФР сведений о персонифицированном учете, на сегодняшний день законодателями не определена, поэтому в качестве него можно представить экземпляр отчета с отметкой о сдаче.
В то же время, если указанный документ предпринимателем не представлен, согласно пп. "в" п. 1 ст. 22.3 Закона N 129-ФЗ он предоставляется по межведомственному запросу налогового органа соответствующим территориальным органом ПФР в электронной форме в порядке и сроки, которые установлены Правительством РФ.
Начиная с 01.01.2012 индивидуальные предприниматели, уплачивающие страховые взносы исходя из стоимости страхового года (не имеющие наемных работников) , освобождены от необходимости представлять ежегодную отчетность в ПФР. Соответствующие изменения были внесены Федеральным законом от 03.12.2011 N 379-ФЗ (п. 6 ст. 6). До этого отсутствие соответствующего документа означало отказ в регистрации процедуры прекращения деятельности ИП.
Галина, Вам необходимо обратиться в ПФР и уточнить какие сведения Вы не представили, может за 2010 год?
А отчет называется
Форма РСВ-2 ПФР
РАСЧЕТ
по начисленным и уплаченным страховым взносам на обязательное
пенсионное страхование в Пенсионный фонд Российской Федерации,
страховым взносам на обязательное медицинское страхование
в Федеральный фонд обязательного медицинского страхования
и территориальные фонды обязательного медицинского
страхования плательщиками страховых взносов,
не производящими выплаты и иные вознаграждения
физическим лицам

Что значит "какой-то отчет" ? Вам этот вопрос обязательно задаст судья. Что Вы на него ответите? Вы собираетесь доказать судье, что ПФ не имеет права требовать с Вас "како-то" отчет, а какой именно Вас не интересует.
При таком отношении Вам вся эта история обещает быть долгой и недешёвой.

В чем проблема - сдайте отчет. Вы ОБЯЗАНЫ это сделать. А так - готовьтесь еще и к оплате штрафов, за несвоевременно сданный отчет.

Против ветра обычно ничего лучше делать не надо, Галина (в смысле тягаться в судах с государственной машиной), лучше все дела решать миром, узнать, чего они от вас конкретно хотят и сдать этот отчёт и спать дальше спокойно.

Надо отчет значит сдать. Узнать в ПФР какой.

Может все таки обойтись без суда? ! Сначала обратитесь в ПФ, узнайте какой отчет не сдан. В любом сулаче, чтобы закрыть ИП Вам надо будет уплатить все налоги и платежи по соц. страхованию.