что делать? пришло уведомление об оплате налога с полученного якобы дохода в 2013

А при чем тут вы? Не исчисленный вовремя налог работодатель платит сам.

Надо брать у работодателя справку 2-НДФЛ и разбираться, что выплачено, что нет, сравнивать также с ведомостями выплаты зарплаты, списками на перечисление зарплаты в банк, и почему разница между справкой о выплаченных доходах, которую в ИФНС предоставляют и фактическими. Иначе не только 3-НДФЛ предоставлять, но и НДФЛ доплачивать

Скорее, вы машину продали в 2013. Или квартиру.

Зарплату Вам отдали (всю или не всю - это уже вопрос второй), а налог с этой зарплаты удержан был?
Можете доказать, что зарплату на карту Вам переводили, удерживая из нее подоходный?
Наиболее, кстати, реальный вариант, что нет - не удерживался у Вас налог. И да - работодатель уведомил налоговые органы, что он бы и рад удержать, но Вы уже там не работаете.

Как это не печально звучит, но тот факт, что у работающих лиц налог удерживает работодатель, не означает, что сам работник "тут ни при чем". Увы, очень даже при чем.
Плательщиком налога является именно работник, работодатель в этом вопросе - только посредник мжду работником и государством, для удобства. И если работодатель свои обязанности посредника не выполнил (не исчислил и не удержал налог) - он, разумеется, виноват и может быть наказан (оштрафован), но этот факт самого работника (как человека, получившего доход в виде зарплаты) от обязанности уплатить налог никак не освобождает.
Увы, тогда работник должен это сделать сам. И да - именно так - подать декларацию, исчислить и перечислить налог в бюджет.

Что Вы можете:
- запросить бывшего работодателя (желательно письменно и с уведомлением о вручении) справку формы 2-НДФЛ за 2013 год;
- запросить налоговую инспекцию, на основании чего они решили, что у Вас появилась в 2013 году обязанность уплатить налог на доходы физических лиц (можно и у них попросить копию предоставленной работодателем справки 2-НДФЛ);
- запросить выписку о движении по счету у банка (если зарплата переводилась на карту Вы, это увидите)
- попробывать сравнить суммы, указанные в 2-НДФЛ, с суммами, проходящими по карте (из этого уже будет видно, совпадают ли доходы из справки с тем, что Вы реально получили, и примерно установить, удерживался ля НДФЛ с заработка) - вот по результатам этого сравнения уже можно конкретно что-то говорить. А пока все слова - не более, чем предположения.