вычитают ли 13 % из зарплаты за операцию (стоимость операции)?

НДФЛ не должен начисляться.
Основание:
Согласно п. 10 ст. 217 НК РФ не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц суммы, уплаченные работодателями за лечение и медицинское обслуживание своих работников и оставшиеся в распоряжении работодателей после уплаты налога на прибыль организаций. Указанные доходы освобождаются от налогообложения в случае безналичной оплаты работодателями медицинским организациям расходов на лечение и медицинское обслуживание налогоплательщиков, а также в случае выдачи наличных денежных средств, предназначенных на эти цели, непосредственно налогоплательщику или зачисления средств, предназначенных на эти цели, на счета налогоплательщиков в банках.
Таким образом, вне зависимости от того, кем заключен договор с медицинским учреждением — организацией или самим работником, доход в виде перечисленных денежных средств будет освобождаться от налогообложения в сумме, не превышающей стоимости оказанных медицинских услуг.
При заключении договора с медицинским учреждением самой организацией последняя получит от медицинского учреждения документы, подтверждающие целевой характер расходования данных средств.
А вот когда договор заключен сотрудником, в распоряжении организации может и не оказаться таких документов. Положениями главы 23 НК РФ не предусмотрена обязанность физического лица представлять такие документы, как и нет условия об обязательном наличии у организации таких документов для освобождения от налогообложения выплат на оплату медицинских услуг.
Вместе с тем целесообразно запросить у сотрудника оправдательные документы, что позволит избежать негативных налоговых последствий.
Источник: https://www.eg-online.ru/consultation/253432/
Социальный вычет не положен, так как Вы не несли личных расходов на лечение (операцию),
если я все верно поняла из Вашего вопроса.

какое отношение имеет опреация к НДФЛ, который удерживает работодатель? работодатель обязан удержать с начисленной зарплаты 13% НДФЛ, а если вы желаете получить социальный налоговый вычет, т. е. вернуть себе часть уплаченного налога, значит собирайте необходимые документы и подавайте декларацию 3-НДФЛ

Вопрос в том. как оплачивала. если за счет прибыли после налогообложения, то ничего не начисляется. Если оплатила как Вы пишете, как Ваш доход в натуральной форме, указав Ваш ИНН, то да, НДФЛ, сама организация или Вы платите (узнайте, был ли начислен). В бухгалтерию зайдите и все узнаете. Социальный налоговый вычет сможете получить (ст 219 НК РФ), подав налоговую декларацию по окончании года