Будет ли проблема с налоговой, если единоличный учредитель фирмы и он же её директор, назначив себе

Исхожу из того, что речь идёт о коммерческой организации со 100% частным капиталом.
С налоговой будут проблемы, если зарплата начислена и выдана, а зарплатные налоги в бюджет не перечислены. Невыплата заработной платы может быть истолкована налоговым инспектором как основание ухода от налогообложения.
С суммы заработной платы организация должна начислить и уплатить единый социальный налог (п. 1 ст. 236 НК РФ) . Датой осуществления выплат и вознаграждений в пользу физического лица признается день начисления этих выплат (ст. 242 НК РФ) . Порядок и сроки уплаты ЕСН устанавливает ст. 243 НК РФ. Следовательно, если организация начислила заработную плату, но не выплатила ее работникам, ЕСН все равно должен быть уплачен в общем порядке – не позднее 15-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором зарплата начислена.
Исчисление НДФЛ с зарплаты производится по итогам месяца, в котором она была начислена (п. 2 ст. 223, п. 3 ст. 226 НК РФ) . А удержать НДФЛ налоговый агент обязан непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате (п. 4 ст. 226 НК РФ) . Здесь подробнее можно посмотреть : http://www.pravcons.ru/publ, статья от 27.05.2009г. «Что «выгоднее» не платить: зарплату или налоги? »

На лицо, занимающее у вас должность директора, полностью распространяется действие трудового законодательства (ст. 11 ТК РФ ). Исхожу из того, что "назначил зарплату" - это подписал трудовой договор. Трудовой кодекс РФ не содержит нормы, позволяющей не начислять ( а уж тем более, не выплачивать начисленную ) работнику заработную плату, в том числе за те периоды, когда вновь созданная организация не осуществляет никакой коммерческой деятельности.

В соответствии с частью третьей ст. 133 ТК РФ, месячная заработная плата работника, ПОЛНОСТЬЮ отработавшего за этот период норму рабочего времени и выполнившего нормы труда (трудовые обязанности) , не может быть ниже МРОТ. Согласно ст. 16 ТК РФ, трудовые отношения оформляются с помощью заключения трудового договора, необходимым условием которого является, в том числе, вознаграждение за труд (ст. 57 ТК РФ ).
По соглашению сторон трудового договора работнику может быть установлено неполное рабочее время. При работе на условиях неполного рабочего времени оплата труда работника производится пропорционально отработанному им времени или в зависимости от выполненного им объема работ и может быть ниже МРОТ.
Такая мера может быть оправдана тем, что пока компания не начала коммерческую деятельность, работы у сотрудников мало. Естественно, соответствующее условие нужно прописать в трудовых договорах с работниками.

Другая сторона вопроса в том, что денег у компании нет. Возможно заключение между фирмой и ее учредителем договора займа денежных средств. Из заемных денежных средств работникам может быть выплачена заработная плата. Через какое-то время между учредителем и фирмой может быть подписан договор прощения долга. В этом случае фирма не должна уплачивать налог на прибыль с суммы прощенного долга. Обычно, именно такой выход подсказывают бухгалтера.

Единоличному учредителю можно выполнять директорские обязательства и без оформления трудовых отношений, на «общественных» началах. Это допускается. Но, если трудовые отношения уже заключены, договор подписан, то заплату надо начислять и платить.

А он не может себе назначить зарплату, поскольку не может сам с собой заключить трудовой договор. На эту тему есть масса писем ФНС России.

Оформите отпуск без сохранения заработной платы - до того момента, как начнете работу. Это лучший вариант.
Либо установите минимальную продолжительность рабочего времени, например, 1 час в неделю и минимальный размер оплаты труда. Но этом случае копейки, но придется платить.. .