Должен ли платить налог?

Сложно распутывать чужие консультации. Попробую. Мне представляется, что ФСН и ГУП говорят о разных доходах. Особенность НДФЛ такова, что разные доходы облагаются разными ставками и имеют разные льготы, по-разному рассчитывается налоговая база и т. д. , и т. п.
Скорее всего, ФНС вас уведомила о налоге ( НДФЛ ), который начисляется на доходы в виде материальной выгоды. Поскольку, никаких налогов на льготы не существует. При получении дохода в виде материальной выгоды, налоговая база определяется как превышение суммы процентов за пользование заемными (кредитными) средствами, выраженными в рублях, исчисленной исходя из 2/3 действующей ставки рефинансирования, установленной ЦБ РФ на дату фактического получения налогоплательщиком дохода, над суммой процентов, исчисленной исходя из условий договора. Если заём в валюте, то другие условия.
Ставка налога по таким доходам 35 %.

Не всякая экономия является налоговой базой. Есть исключения. В соответствии со статьёй 212 НК РФ, из доходов, полученным в виде материальной выгоды, исключается материальная выгода, полученная от экономии на процентах за пользование заемными (кредитными) средствами на новое строительство либо приобретение на территории РФ жилья, в случае (обратите внимание - это обязательное условие !!!), если налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ.
Вы уведомили налоговую инспекцию о том, что имеете право на имущественный налоговый вычет? О праве на вычет ( уменьшении налогооблагаемой базы по НДФЛ ) надо заявляться самостоятельно. Если вы ( или ваш налоговый агент ) это не заявите в налоговую, то откуда она об этом узнает? Естественно, они и предлагают вам уплатить налог. Надо сходить в налоговую и уточнить. А если заявлялись, то возможно попросту затеряли ваши документы. Обязательно сходите.

Возможно и такое : Есть ещё доходы в виде процентов, получаемых по вкладам в банках. Регулируется статьёй 214.2 НК РФ. В отношении доходов в виде процентов, получаемых по вкладам в банках, налоговая база определяется как превышение суммы процентов, начисленной в соответствии с условиями договора, над суммой процентов, рассчитанной по рублевым вкладам исходя из ставки рефинансирования Центрального банка РФ, увеличенной на пять процентных пунктов, действующей в течение периода, за который начислены указанные проценты, а по вкладам в иностранной валюте исходя из 9 процентов годовых, если иное не предусмотрено настоящей главой. Надо заявлять в налоговую о таких доходах.
Налоговая ставка по таким доходам – 35 %.

А вот ГУП ЖФ, скорее всего, разъясняет вам о том, что у вас не подлежат налогообложению доходы в виде суммы выплат на приобретение и (или) строительство жилого помещения, предоставленные за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов - статья 217 НК РФ, пункт 36. Если бы такие доходы облагались, то ставка была бы 13 %.
Как вы понимаете, материальная выгода и проценты по вкладам - это не субсидия. Разные доходы.
Вообще-то, за ответами на вопросы о налогах лучше обращаться в ФСН, а то запутают вас окончательно. В свою очередь, ФСН обязана чётко указать, какие и с чего налоги вы обязаны заплатить.

Есть мнение, что в Вашей налоговой и в ГУПе тупо не знают законов, ибо Ваша ситуация подпадает под исключение, предусмотренное п. 1 ст. 212 НК РФ (если вы ранее не получали вычет на приобретение жилья, конечно) :

Статья 212. Особенности определения налоговой базы при получении доходов в виде материальной выгоды

1. Доходом налогоплательщика, полученным в виде материальной выгоды, являются:

1) материальная выгода, полученная от экономии на процентах за пользование налогоплательщиком заемными (кредитными) средствами, полученными от организаций или индивидуальных предпринимателей, за исключением материальной выгоды, полученной в связи с операциями с банковскими картами в течение беспроцентного периода, установленного в договоре о предоставлении банковской карты, и материальной выгоды, полученной от экономии на процентах за пользование заемными (кредитными) средствами на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, в случае, если налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 настоящего Кодекса;

С одной стороны, Вы должны платить налог в связи с тем, что получили льготный займ, т. е. полученная от такого выгода как разница между выплатой процентов по обычному и Вашему займу считается доходом и облагается налогом.
Однако, Вы имеете право на налоговый вычет в связи с приобретением жилья. Но он предоставляется после приобретения жилья.
Поэтому прежде чем платить, лучше сначала обратиться за консультацией в налоговую. Кроме того, придется заполнять налоговую декларацию.