Почему в некоторых Do, а вдругих Are?

Объясняю подробно на твоих же примерах.
Сначала вместо вопросов возьмем утвердительные фразы:
Ты говоришь по-английски. = You speak English. (Внимание! Здесь обычный смысловой глагол speak)
Ты в порядке. = You are OK. (А здесь особый глагол are)

Теперь от утверждений перейдем к вопросам. Для этого есть пара правил, они разные - для обычных глаголов и для особых.

1) Для большинства глаголов при составлении вопросительного предложения в самом начале добавляетcя вспомогательный глагол DO:
Говоришь ли ты по-английски? = Do you speak English?
Знаешь ли ты Тома? = Do you know Tom?

Если надо использовать вопросительное слово (Где, Как, Когда, Что...), то впереди ставится оно, но дальше перед смысловым глаголом все равно идет вспомогательный глагол DO:
Где ты живешь? = Where do you live?
Какой хлеб ты покупаешь? = What bread do you buy?

2) Для некоторых глаголов при создании вопроса вспомогательный глагол DO не нужен. Прежде всего, это относится к глаголу to BE = быть, являться, находиться (полагаю, ты уже знаешь, что он имеет несколько форм: am, is, are, was, were). Посмотри на примерах, как легко в этом случае строится вопрос - простой перестановкой слов:
(утв) Я нахожусь дома = I am at home.
(вопр) Я нахожусь дома? (Нахожусь ли я дома?) = Am I at home?

(утв) Ты в порядке. = You are OK.
(вопр) Ты в порядке? (В порядке ли ты?) = Are you OK?

(утв) Маша умная = Masha is clever.
(вопр) Умная ли Маша? = Is Masha clever?
--------------------
Все вышесказанное - азы, самые элементарные правила, которые надо выполнять "на автомате", не задумываясь. Печально, что ты их не знаешь... Тогда срочно хватай в руки самоучитель - и заново учи английский, только на этот раз качественно.

так сложилось исторически