Как из ростка лимона 50 -60 см. сформировать дерево?

Начинать надо было когда он был сантиметров 20.
Цитрусовые плохо переносят обрезку, лучше прищипывать. Но уж раз такой вымахал-Вам решать.
Можно рискнуть и обрезать наполовину, а черенок укоренить (укореняются сложно, но укоренившийся может сразу зацвести) .
Или оставить высоким и делать прищипку.

К обрезке молодого деревца лимона (сеянца или укоренённого черенка) приступают перед началом активной вегетации (в феврале - марте) уже в однолетнем возрасте, когда побег достигнет высоты около 20 см. Без обрезки лимон будет расти или одним стволом без боковых ветвей, или очень густым кустом. Обрезка позволяет улучшить ветвление побега лимона и сформировать красивую крону, удалить лишние ветви, ускорить плодоношение.
Практикуется следующая методика формирования лимона: у молодого деревца, растущего одним побегом, обрезают верхушку таким образом, чтобы ниже среза было 5-6 развитых почек, из которых в дальнейшем разовьются ветки первого порядка. Из них оставляют 3-4 идущих в разные стороны побега, которые после отрастания тоже обрезают, оставив на каждой веточке 4-5 почек, из которых разовьются ветки второго порядка. После аналогичного обрезания их верхушек из оставшихся почек развиваются ветки третьего порядка. После появления веток четвёртого порядка формирование основного скелета кроны лимона заканчивается, так как на них обычно начинается цветение и плодоношение.
Обрезка плодоносящих лимонов также проводится ранней весной (в конце февраля-начале марта) . Удаляют сухие, слабые, бесперспективные побеги (направленные внутрь кроны) , отплодоносившие мелкие веточки. Обрезают сильно растущие вегетативные (на 10-13 см) и жировые побеги, которые ослабляют развитие кроны и снижают плодоношение.

Лучше начать формирование кроны лимона позже, чем никогда, чтобы "воспитать" с годами стройное деревце. Оцените имеющуюся крону своего трёхлетнего лимончика с точки зрения её красоты и пышности, отметьте недостатки. Ранней весной проведите обрезку, учитывая рекомендации вышеописанной методики, чтобы придать кроне нужную форму с учётом будущей перспективы роста.

Здесь смотрите обрезку лимона в картинках:
http://www.limon-room.narod.ru/otvet/obrezka-kroni.html
http://lemonlife.ru/vyraschivanie_limonov/formirovanie_krony_dereva_limona

Деревце то сделаете, а вот плодов дождетесь вряд ли. Плодоносят в комнатных условиях привитые саженцы.