интересное наблюдение, всходы перцев в большинстве своем одинаковые, но среди них....

Если не обращали внимания — присмотритесь. Он «великий и ужасный» — бывает различных оттенков красных, пурпурных, фиолетовых тонов. Если стебель рассады становится больше синим или фиолетовым — это говорит о недостатке фосфора. Вовсе не обязательно кричать «караул! » и начинать горстями сыпать суперфосфат. Легкий недостаток фосфора в рассадный период томатам не особо мешает. И он не всегда свидетельствует о недостатке фосфора в почве, а гораздо вероятнее — о холодных температурах.

При понижении температуры почвы ниже 14-12и градусов, корни томатов просто не в состоянии употреблять фосфор из почвы. Тогда фиолетовыми становятся также и листья растения с нижней стороны. У разных сортов степень «фиолетовости» стебля выражена немного по разному.
Можно по-идее применить опрыскивание легким (0.5%) раствором фосфорных удобрений, но особого смысла нет — как только потеплеет, томаты снова станут нормального цвета.
В целом фиолетовый, синеватый или сиреневый цвет рассады не повод для беспокойства, но стоит подумать о том что температура для рассады скорее всего ниже оптимальной.

Надежда все правильно написала про рассаду, ну а всходы - Вы ведь, когда основная масса взошла, наверняка переставили их поближе к свету и в более прохладное место - вот и стебелек толще и короче, и антоцивновая окраска проявляется при прохладе.

Более поздние всходы свидетельствуют о том что у некоторых семян энергия прорастания была низкой .А о наличии питательных веществ в этом возрасти судить нельзя, тем более что остальные растения чувствуют себя нормально.