если посадить сосну и не давать расти ей выше трех метров, формировать как бонсай, какая у нее будет корневая система?

Вам надо почитать про это "бансай" Как и кого выращивают епошки... А мы больше по картошке....

Под сосной самое место рододендронам вереску и гортензии тк из за опада почва кислая

Ничего себе бонсайчик трехметровый)) ) Трехметровую формировать не удобно чисто в техническом плане. Высоковато. Это, если не просто стричь, а прищипывать новые почки, чтобы ограничивать рост. Какая корневая не проверяла, но у меня под сосной и рядом нормально растут и цветы и кусты. Сосна растет шестой год.

Формы бонсаи, на природе, добиваются в основном прививками. Ведь в домашнй культуре нужно обязательно подрезать корни.

Как у нормальной сосны. Кустарники сосна в лесу не подавляет. Садите на любом расстоянии.

Не получится у Вас сосна 3-х метровая. Это будет неимоверный уродец, совсем на Бонсай не похожий...
Чтобы получился Бонсай, в первую очередь растению регулярно(в начале роста - ежегодно) укорачивают на 1/3 корни(именно корни), это и подавляет рост кроны. А крону формируют уже в эстетических целях, придавая ей нужную форму.
Лучше посадите что-нибудь другое. И расти под сосной у Вас не будет особо ничего, разве что теневыносливые почвопокровные...

Насколько я помню, но бонсаи начинают как раз наоборот, с удаления центрального корня.

Вот если вам интересно и если вы хотите действительно бонсай, то можете почитать здесь (там и про сосны в том числе) :
http://landscape-project.ru/ozelenenie/bonsaj-v-otkrytom-grunte.html
и
http://www.websad.ru/articles.php?code=39

Сосна будет расти в ширину. Но подавление кроны замедлит и рост корневой системы-питание-то для корней идёт из кроны! Имейте в виду, что сосна промежуточный хозяин болезней пионов