луковица лилии проросла и начинает зацветать, если выкопать на зиму, что с ней будет? важно

Ничего страшного. Выкапывать не надо. Хранить луковицы лилий зимой дома проблематично... могут подсохнуть, покрыться болячками. Их вообще в отличии, например от луковиц гладиолусов, нельзя хранить без торфа, опилок или другого субстрата в прохладном месте... и все равно при длительном хранении подсыхают. Как у вас с погодой? Если еще терпит, то пусть растут. Может успеют зацвести. Если уже заморозки и стволы начинают буреть, то обрезайте. В принципе ваша лилия прошла полный цикл развития и луковицы нормально перезимуют в грунте. Намного хуже, когда недавно высаженные послевыгоночные луковицы сейчас только трогаются в рост... могут погибнуть. Особо укрывать не обязательно, только если это восточная или ОТ-гибрид.

они должна зимовать в земле

Не надо выкапывать Наоборот на зиму засыпьте перегноем

Ничего не будет, если выкопаете с комком земли и посадите в горшок. Отцветет, засохнет, отправите на покой. Если же нужны правила, как что делать, то читайте здесь:
http://orchardo.ru/163-nuzhno-li-obrezat-lilii-posle-cveteniya-i-vykapyvat-lukovicy-na-zimu.html

Не считаю себя великим спецом по лилиям (пока) , но думаю, что ничего хорошего не будет.
Я бы действовала по стандарту, но в ускоренном темпе. Удалить цветок и далее терпеть сколько позволит погода в вашем регионе, затем удалить цветонос полностью и хорошенько укрыть на зиму.

Обрезать цветонос, что бы не тратила силы на цветение. На зиму укрыть листьями или соломой (травой) . Лилии зимуют в земле.