Что делать с корнем плодового сажанца?

можно и обрезать... но как можно ближе к стволу... место повреждения обязательно замазать масляной краской или каким-либо вязким веществом, предварительно продезинфецировав...

накрой рубероидом

Я бы в такой ситуации пока закрыла корень почвой (пусть будет горка).
А весной по радиусу от ствола прокопала канавку под этим выпирающим корнем и заглубила бы его.
Со временем вся почва в посадочной яме осядет, и корень выйдет ещё выше.
Это - моё мнение, решать - Вам.

Ещё момент: всё же посадка была неправильной - низ ствола помещают на холме по центру ямы, а корни направляют в глубину. Тогда подобного вашей ситуации не произойдёт.

Купить бордюрную ленту, вкопать ее по кругу, см 50 от ствола, чтобы сверху см 10-15 выступало - и засыпать туда слой земли. Лента будет препятствовать смыву почвы, а со временем там нарастет зелень, травка и укрепит грунт.

И так сойдёт! Посажено же правильно просто что то пошло не так.

Не надо ничего делать, дереву такое положение корня никак не помешает. Досыпьте грунта до шейки, на открытой части корня со временем образуется достаточно прочная корка, так что он будет защищен.

Посадили 3 летнего возраста саженец груши, я так понимаю, что вы только что посадили возрастной саженец? То есть груша не растет у вас 3 года ?
Если, по первому моему предположению, саженец еще не поздно пересадить в более удобное место ,(учить никого не собираюсь или "строить вину " садоводам )) все это очень плохо, а в будущем допустим оставите вы корень от которого, все равно пойдет поросль, как и обрезав его - тоже он успешно восстановит рост и при близком залегании и уже ранении ..начент давать поросль, особенно если это подвой дикой груши, а не низко-сортового ..по моему опыту нет разницы - груша неправильно посаженая, часто подвергаемая ранению корней начинает бурно производить поросль .
В вашем случае придется все же пересадить саженец в более удобное место .
Если, это уже невозможно, то ваше дерево в будущем будет ,: плохо развиваться, болеть в ущерб плодоношению это станет еще большей проблемой, чем сейчас - размытый корень при осадках .
Такого вообще не должно быть при посадке любых саженцев и никак не допустимо

Если не толстый корень, можно обрезать, обработать раннет или серой коллоидной или золой.

У меня со временем и шейки под землю ушли. Абрикос боится прикорневой гнили, груше вроде пофиг. Некоторые специально сажают прививку глубже, что бы корни пошли с прививки, а не подвоя. Прото от подвоя зависит рост груши, кому то карликовые нравятся, кому то 30 метров давай. Другая беда это ржавчина. У нас по всей области за 3 года заразились все груши. Больные даже в питомниках продают, только листья общипывают с пятнами и ветки обрезают с отслоениями, но если сорт не стойкий, то через 3 года дерево перестает давать плоды, точнее они сухие, корявые, маленькие, невкусные и в бородаках, так что возможно корень не самое страшное, он мочалку вниз пустит. Про рубероид советовали, у нас недалеко рубероид наплавляемый был, так корень наобород поднялся под ним на воздух

Я бы замульчировал 10см, но не касаяст ствола